节目启动初期，曾因为嘉宾的多元化、话题的争议性，受到各方的观点质疑。节目组表示，第三季节目虽然播出时间只有短短12期，历时三个月，筹备时间却长达近一年时间!幸运的是，一叶一菩提、雪花之谜等一批最强道具依旧震撼观众的双眼。节目组表示：“观众对科学、对脑力的关注度，远超我们起初的设想。”第三季《最强大脑》以超高收视率成为综艺节目的话题中心，在播出后期稳居同时段排名第一。

　　第三季的落幕也带来了观众的问题：“《最强大脑》还会有第四季吗?”对此，节目组表示，能否回归关键“还是要听观众的反响”。主持人蒋昌建总结说：“坦白讲，脑力在这个舞台展现多少，我们就表现多少。我们的确考虑过再也不见，但我们考虑的更多的，依然是再能相见。”