2012年4月，随中国国青队出征德国曼海姆第26届U18青年邀请赛，周琦贡献14分8篮板5助攻6盖帽，帮助中国队78比63完胜瑞典队，取得此项赛事的第11名，周琦在本届赛会中效率榜排名第一，盖帽榜排名第一，入选最佳阵容。

　　6月30日，随中国国青队出征第二届世界U17青年篮球锦标赛，第二场小组赛以55-92输给澳大利亚队，周琦12分8个篮板3次封盖。

　　2013年入选U19国青，7月随中国国青队出征U19世青赛，帮助中国队获得赛事第七，平国字号球队在世界大赛中的最佳战绩，周琦以场均5.4次封盖稳居封盖榜榜首;同年9月7日，代表辽宁参加第十二运男子篮球18岁以下年龄组决赛争夺战，辽宁队以83比52战胜解放军队，赢得金牌，得到23分15篮板4盖帽。

　　2015年男篮亚锦赛决赛，中国队以78-67击败菲律宾获得冠军，周琦在比赛中9投4中贡献16分和14个篮板;并入选本届亚锦赛最佳阵容司职中锋。