故事发生在一个与人间平行的新世界。新世界的天空，与人间的海洋相连。他们不是人，他们是“其他人”。他们为神工作。他们的世界，处处都是神迹，人人都是神使。有人掌管风，有人掌管水，有人掌管火，有人掌管万物生长，有人掌管灵魂之生灭。

三百年后，他们寿终，化作星辰，即为永生。

椿和湫便在这里长大。椿掌管海棠花开，湫掌管秋风。椿在一次成人礼中出现意外，被一位人间少年所救，少年因为她失去生命。椿为了报答少年，开始了报恩之旅。湫为了守护椿，献出了自己的生命。

椿用自己一半的灵魂换回了少年的灵魂-- 一条小鱼，其名为鲲。椿想将其养大放回人间，却不知此行径有违天命，给自己的家乡带来了灾难。最后，还是在椿、湫和椿的爷爷奶奶帮助下，他们回到了人间。

据悉，《大鱼海棠》是一部比较虐心的影片，结局椿和湫并没有在一起。湫牺牲了自己，让椿和鲲重返人类世界相见。