电影《湄公河行动》把故事设定在2011年10月5日，十三个中国船员在湄公河行驶中被枪杀，这起震惊中外的血腥冤案成了故事的导火索，国际舆论上都以为是这些被杀的船员是偷运毒品被杀，矛头转向了颠倒是非的负面新闻上。

　　为此查清此案，还死者一个清白，中国决定派出缉毒精英前往鱼龙混杂的金三角查明真相，并以高刚为这次行动的队长，开始了一场和真正的犯罪分子斗智斗勇的惊险故事。