然而后期拓跋焘听信奸臣的谗言，竟然下令灭佛，拓跋晃平素喜好佛法，在这一问题上与拓跋焘产生极大矛盾，屡次劝谏都没法阻止，后来只得瞒着拓跋焘保全了很多的和尚，后来此事被小人告发，拓跋焘非常震怒，处决了东宫不少的官员，大批被拓跋晃保全的和尚都被斩首，此事让太子拓跋晃留下心结，后抑郁一病不起，病逝时只有二十四岁，后被追谥为景穆太子。

　　拓跋晃只留下一个儿子，历史上名叫拓跋濬，电视剧《锦绣未央》中是拓跋浚，指的是同一个人，后来被迎立为皇帝，史称文成帝，在位期间，北魏恢复佛教，始建云冈石窟，可惜却英年早逝，死时年二十六岁。