2009年，发行第五张个人专辑《弦歌清韵》;同年，获得欧洲“聆听世界音乐”最佳演唱大奖。2010年，发行第六张个人专辑《夜雪》;2月，龚琳娜演唱的歌曲《忐忑》在中国内地受到关注。2011年8月，发行首张数字专辑《自由鸟》;

　　11月，在华语金曲奖颁奖盛典上获得“年度艺人”奖。2013年10月~12月，加盟江苏卫视《全能星战》节目;12月，获新周刊2013中国年度新锐榜年度艺人奖。2014年8月，第一本随笔集《自由女人》出版;第一本自传《走自己的路》出版。

　　2015年4月，由龚琳娜和黄耀明合作出演的音乐剧《乐璇上海》在台北上演;6月，受邀出席2015年纽约双河音乐节Bang on a Can Marathon音乐会并献唱新歌《云中君》、《河伯》;

　　7月，受邀参加意大利2015年米兰世界博览会南京周中国云锦国际服装秀上献唱开场曲。2016年1月，担任选秀节目《一声所爱·大地飞歌》的音乐导师。