随后，张贵人谎称皇帝于睡梦中“魇崩”。中书令王国宝深夜前来，叩打禁宫的大门，打算进去替皇帝撰写遗诏，被王恭之弟侍中王爽阻止。而当时司马道子(已徙封会稽王)也终日声色犬马，由其子司马元显执政，这对父子原本就站在孝武帝的对立面，正当主相相持中被孝武帝一方压制，对孝武帝之死求之不得，因而对张贵人不予追究。皇太子司马德宗即位，是为晋安帝，晋安帝的智力残疾程度甚于晋惠帝，自然也不会追究父皇之死。史学家吕思勉怀疑孝武帝以酒后戏言而被张贵人所弑乃真凶散布的谣言，但他被宫人弑杀应属无疑，从而暗示孝武帝之死很可能是司马道子父子及其党羽王国宝等人策划的阴谋。

　　司马曜死后，谥号孝武皇帝，庙号烈宗，与孝武定皇后王法慧共葬于隆平陵(今南京钟山之梅花山)。