《金刚：骷髅岛》的故事发生在当代，在故事时间线上距离2005版的《金刚》已过去了半个世纪。

影片讲述的是美国科学家意外发现了骷髅岛，一只探险小队在军方的保护下登岛调查，无意中发现了这座小岛的守护者金刚

探险小队在和金刚初次交手中惨败，但他们很快和金刚达成了默契，因为他们真正的敌人不是这只大猩猩，而是很多从深渊中来到这个小岛上的怪兽

之后的剧情就变成了人类联合金刚打怪兽，当然探险小队中也不乏丧心病狂的科学家，想把金刚抓回去研究