明珠与索额图“权势相侔，互相仇轧”。康熙帝回京后，于四十二年(1703)将索额图处死。

　　康熙四十七年(1708)，康熙帝曾对大臣们列举了皇太子今的“种种恶端”，又说：“从前索额图助伊(皇太子)潜谋大事，朕悉知其情，将索额图处死。今胤礽(皇太子)欲为索额图复仇，结成党羽。”据礼亲王昭梿说：索额图在狱中时，曾有“客潜入狱馈饮食，及公伏法，客料理丧殓事毕，痛哭而去，不知所终”。索额图的同党多被杀，被拘禁、被流放;同祖子孙都被革职，其二子格尔芬、阿尔吉善被处死。康熙帝对索额图一生所参与的重要军政大事，除与沙俄在尼布楚的谈判外，全面给予否定，并说“索额图诚本朝第一罪人也”。

　　康熙四十一年(1702)，康熙帝逐渐对太子行事不满，而索额图作为外戚极力维护太子的地位，所 以被牵连。康熙三十九年有人告发索额图，但康熙帝没有处置。后又与家奴高士奇结下仇恨，康熙 四十二年，高士奇背叛索额图，投靠明珠。明珠与索额图“权势相侔，互相仇轧”。康熙帝回京后 ，于四十二年(1703)将索额图处死。