剧中，年轻的司马懿本是个胆小谨慎的书生，因为有“鹰视狼顾”之相，回头看了曹操一眼，从此和曹家结下了不解之缘。他被曹操强行征辟为官，一脚踏入曹家暗流汹涌的夺嫡之争。

　　有人说《军师联盟》是一部黑化诸葛亮和洗白司马懿的历史剧，历史上魏朝与晋朝交替时司马氏与曹氏之间有一段明争暗斗，主要是司马懿和大将军曹真长子曹爽之间展开，当年曹爽和司马懿并为魏明帝托孤大臣。剧中着重刻画了曹氏家族的一群反派式人物。