突然有一天小五郎消失了，放置的追踪器也没了信号，柯南觉得事态严重，找到诈死的FBI赤井秀一商量对策，没想到，赤井的回答令柯南意外，更令柯南震惊的是下面的话。太狗血，有没有，而此时小五郎已经身在黑衣组织的大本营了，就在此时柯南的追踪器再次有了信号，而坐标显示的位置，竟然是这里，铃木塔!!!……

　　原来，在上次的决战中黑衣组织终于注意到这个一直被忽视的小学生，江户川柯南，于是，开始调查柯南身边的人，首当其冲的就是破案无数的小五郎叔叔，在一个月黑风高的夜晚，他们绑架了毛利小五郎，作为FBI首脑的小五郎将计就计，决定借此机会探明黑衣组织的老巢。

　　本来按照“琴酒”的行事方式对可疑目标都是杀入灭口的，但小五郎手中的“王牌”却让他投鼠忌器，无奈琴酒也慌了手脚，只得把小五郎带回老巢交给大BOSS处理，而真正的大BOSS竟然就是他——铃木次郎吉，铃木圆子的堂叔，铃木财团的真正幕后老板。