清朝建立后，尊为清太祖，谥曰承天广运圣德神功肇纪立极仁孝睿武端毅钦安弘文定业高皇帝。

　　天命十一年(1626年)七月中旬，努尔哈赤身患毒疽，七月二十三日前往清河汤泉疗养，八月初，病势转危，遂决定乘船顺太子河返回沈阳，八月十一日，乘船顺太子河而下，病死于叆福陵隆恩门鸡堡(今沈阳市于洪区翟家乡大挨金堡村)，终年六十八岁。努尔哈赤葬于沈阳福陵(今沈阳东陵)，庙号“太祖”。

　　努尔哈赤在统一女真各部的过程中，创建了兵民合一的八旗制度，八旗以努尔哈赤为最高统帅，各旗旗主均由努尔哈赤的亲信子侄担任，他们必须服从于努尔哈赤的统一指挥和调遣，这是努尔哈赤建立后金政权的重要因素。

　　但是，各个旗主政治上平等，经济上独立，而且每个人都拥有很大的特权，他们都各置官属，各有人民，旗下人奉旗主为主，这使后金政权内部不可避免地形成了八个独立的军政集团。

　　八旗制的这些弊病，正好为以后八旗内部各旗旗主争夺汗位的斗争留下了隐患。长期以来，对后金政权的汗位继承问题，努尔哈赤是有过感受的。