《推理笔记5》是推理笔记正传的最后一部。结局Joker就是推理之神，他利用Joker的身份制作出“末日病毒”向全世界宣战，Joker的阴谋不是要称霸世界，而是想要世界服从他，像神一样服从他。他在用推理之神的身份来杀死假的Joker，揭破Joker(自己)的末日病毒计划，人们便把他当做了神，高高在上的神，后来他的计划被爱迪生识破，Joker(推理之神)服毒药自杀。

　　这部小说也死了不少人，黑葵A(齐木，红桃Q)与夜神月(蓝晓)同归于尽，修z被推理之神杀死，米卡卡假扮黑奎A，最后为了揭破推理之神的计划光荣牺牲。(王子原来也是爱迪生的人)。