《秦时明月之君临天下》历时三年终于完结了，其中最大的猜想惊鲵的身份到底是谁也已经水落石出了。但是却给观众留下一个更大的疑问，掩日到底是谁。除此之外《秦时明月》还有很多未解之谜。

掩日的身份。《君临天下》已经完结，惊鲵的身份确认是田言无疑了，但是惊鲵到底是谁，玄机留下来一个更大的谜团。

青龙计划的实施。《君临天下》已经完结，我们知道青龙计划的两位继承者，田猛已死，另一位继承者胜七也已确认。但是青龙计划想要达成的目标又是什么？这些谜题都有待解开。

秦始皇嬴政的实力。嬴政手拿剑谱排行榜上第一的天问，但是唯一的一次出手就是砍了一只飞蛾。我们大叔被世人称之为剑圣，手中拿的渊虹也只排名第二。所以对于嬴政的实力也算是个谜了。

苍龙七宿的秘密到底是什么。苍龙七宿，一个流传千年而尚未破解的谜题，此谜团涉及韩，赵，魏，楚，燕，齐等七国。据说一旦得到，就能拥有掌握天下的力量。韩非也一直在调查苍龙七宿的秘密。

韩非到底是怎么死的。根据天行九歌里面的情节，韩非创立了流沙组织，而且当时身边应该是有卫庄、紫女保护的，还有逆鳞的保护，是不会那么容易被人杀害的。

卫庄在监狱到底经历了什么。在《天行九歌》里面二叔是短发，但是在《秦时明月》中卫庄的容貌发生了很大的变化的，人也更加冷漠，他是为什么被抓进监狱，在监狱中到底又经历了什么。

韩信的身份目的和实力。在《君临天下》中章邯说韩信是影秘卫的人，但是事实似乎没有那么简单。在《万里长城》的剧情中，甘愿忍受胯下之辱，但是在桥上以杀气将鸟儿惊飞就已经显示了他不凡的实力，身后的佩剑也是个迷。