于是托马斯带领着跟随他的人，成功逃出迷宫并进入一个名叫WCKD的主控室。但却发现世界已经不是他们想象的那样。此时的世界，因为太阳耀斑造成了数十亿人死亡，而且还衍生出了一种无可救药的闪焰病，绝大部分存活下来的人会受到感染，变得像行尸走肉一样。

　　奇迹的是有一批出生的新生儿并没有受到感染，这些新生儿也就是托马斯他们，WCKD把他们关在迷宫里测试他们大脑的活动，以找到治疗闪焰病的解药。之后托马斯他们被军队带走，离开了迷宫。但他们只是被WCKD设了套，托马斯他们依然还在测试阶段，他们只是从一个实体的迷宫，走进了一个有研发人员一同参与的现实版迷宫而已。

　　在第二部中，托马斯他们进入了一个类似于保护营地的封闭站所，里面管吃管喝管住，在这里还有很多从其他迷宫救出来的人。但是，里面有军队看护着，不准去的地方寸步难行，睡觉还要把人锁在房间内。这像什么，没错，像监狱。