很多獐子岛集团的员工和岛上的村民都表示，这次扇贝死亡的第一个原因还是投苗问题。由于集团进苗资金紧张、信誉每况愈下，所以公司买不到好的扇贝苗，收成大打折扣。有直接负责投苗的船员称，有很多扇贝苗在投放之前就已经死了。

獐子岛扇贝大面积绝收的第二个原因可能是长期不合规的捕捞方法，违禁耙网已经破坏了海底生态。当地村民和公司员工称，最环保的捕捞方法会大幅提高捕捞成本，公司为了节约成本，不惜使用破坏海底生态环境的耙捞法。而耙捞法会导致扇贝体内进入污染物而死亡。

据獐子岛上的船员反映，第三个原因是：獐子岛集团在2016年和2015年，一直过度采捕，扇贝断代，到了2017年年底，已经没有多少扇贝可以收获。獐子岛镇居民：“什么扇贝能扛得住这么拉。本来是三年（指生长期）贝，两年就给你拉上来了，哪有贝去给它生长。”