通过对人类阿凡达的审讯，一个巨大的阴谋浮出水面。原来人类早就悄悄的重返了潘多拉星球，并且在潘多拉的海洋中设立了秘密基地，准备在水下出其不意的向纳美人发动奇袭。第一波攻势之后，更是会有盘踞在半人马α星系宇宙空间里的人类太空总部向潘多拉发起总攻!而被杀死的那个纳美族精英，就是无意中发现了人类在海边的秘密活动才惨遭毒手。一时之间，整个潘多拉人心惶惶，经历了上一次战争，纳美人自然十分清楚地球的军事力量，上次区区数千雇佣兵已经搅的潘多拉天翻地覆，何况这次穷途末路的人类倾巢出动。

杰克明白，他最担心的事终于发生了，很快这个美丽的星球就要再次面临战火的洗礼。无论结果如何，他必须想尽一切方法挽救这里的生命。不过面对这种情况，杰克其实也早有准备。5年前的那场战斗结束后，纳美人缴获了数量庞大的武器装备和科研设施。当初娜塔莉和其他部落的一些首领都建议他销毁这批武器装备，认为它们是潘多拉根本不需要的，“充满肮脏的杀戮兵器”。只有杰克知道，只要地球人对潘多拉贼心不死，这些武器装备迟早会有派上用场的那一天。于是，杰克秘密组织了一个科研团体，笼络了纳美人各部族的人才，对这些武器进行改造研究，以备将来的不时之需。同时，他还把自己过去的人类身体，那个杰克·萨利的最后证明，盛放在了一个巨大的培养皿中。这一切行动都是在极度机密的情况下进行的，甚至连娜塔莉都不知道。用地球人自己的科技打败他们，这难道不是最好的回敬

然而人算不如天算，地球人的海底攻势突然提前发动，整个潘多拉陷入了一片慌乱之中。原来，地球人想到阿凡达被俘的可能，就在他们的指关节处安装了特制的通信器，只要对着墙面轻轻扣击莫尔斯电码就可以传递信息。纳美人由于心地纯良，对被俘的阿凡达疏于防范，反而让他掌握了一些有用的情报，并且通过体内的通信器传递给了宇宙间的人类太空总部。来不及多想，纳美人纷纷投入战斗，期间死伤无数，场面甚为惨烈。当然，我们的主角仍旧像上一部那样一边骑着魅影耍酷一边进行战斗。这里值得一提的是，外形酷似中国传说中的神兽貔貅的怪兽“topoomy”(比貔貅的英文多了一个o)起到了奇兵的作用，不仅将无数地球人制造的武器装备飞行设施直接吞入腹中，甚至机枪导弹也不能伤害其分毫。

狡猾的地球人见场面上逐渐占了下风，索性龟缩回水下，用特殊的潜射导弹对潘多拉各部族成员及各地的神树狂轰滥炸。于是杰克派遣了一批部族精英携带水下呼吸器向着人类海底基地发动了进攻。这一段水下大战的情节甚是奇妙，并不是三两句话就可以说明的。总之，人类在海底节节败退，之前仰仗的水下防御系统也被潘多拉的自然之力摧毁。

眼见纳美人胜利在望，天色忽然暗了下来，原来地球人巨大的飞行战舰已经接近了潘多拉。杰克无奈之下终于采取了最后的绝招，通过仪式将自己灵魂传导回原来的身体，孤身前往人类战舰，寻求和平解决两族争端的办法。几乎所有纳美人都认为这个计划完全不可行，杰克此行必定有去无回。此时，杰克·萨利，这个前海军陆战队员，现今的部落首领，引用了一句古老中国的经典谚语：“我不入地狱，谁入地狱 ”他知道自己无论有多么充分的理由，始终是人类的叛徒，那是没有办法回避的过去。这次与地球的接触，既是为了和谈，也是为了赎罪。众人听罢纷纷落泪。

影片最后，恢复人身的杰克·萨利乘坐的直升机缓缓升起，翠绿的草地上是守望他的爱人和子民，天空中则是巨大的人类母舰的身影。至于未来究竟会怎样，地球人能否与纳美人和平共处，那就是另一个故事了。