1938年8月，中央执行委员会调查统计局(简称中统局)成立，任局长。后因参与中印缅边境交通线走私案被免职。

　　徐恩曾之母、长期住在上海或吴兴原籍，从未到南京依靠徐生活。其早年佣工张庭桂、郭文浩和婢女高宝珍等，后来都成为中统特务，在局本部担任油印或其他事务工作。他们在私人谈话中，有时还称徐为“少爷”。徐母在抗日战争爆发后，因年事已高，留在上海，1941年病死。

　　徐恩曾有妻三人，1949年大陆解放时，都还健在。其原配眉氏，是吴兴人，起初，两人感情尚好，徐妻一向与徐母同住，约自1928年起，两人感情恶化，徐恩曾后来干脆不再回家住，或回家也不与张氏同居。但徐妻始终住在徐家，整天吃斋念佛，很少找徐的麻烦。张氏生有一女，女儿随母生活，很少与徐恩曾见面。

　　徐恩曾的第二个老婆叫王素卿，东北人，体格健壮，性情泼辣，贪财好色，原是徐恩曾的友人之妻。友人赴英国留学，托徐予以照顾，友人出国后不久，1929年，徐恩曾与王同居，王氏一年生一个，生有子女四五人。后来，友人返国，见生米已成熟饭，又慑于徐恩曾的权势，只好忍气吞声，不再过问。