2008年11月，吴佩慈与马来西亚籍富商peter chen在飞机上相识，之后开始交往。2011年，吴佩慈与peter chen分手。

　　2013年9月，吴佩慈透漏自己怀孕4个月，男友是纪晓波。

　　2014年2月17日中午12点在香港剖腹生下小马女，母女均安。吴佩慈女儿身高50公分，重2760克，已取好小名“小蕊蕊”，英文名“hillary”，希望宝贝千金看齐美国政坛女强人希拉里的聪慧、坚强、勇敢。