三年后，皇后又生了皇子永琮。琮者，古之玉器，形方中孔，多于礼地，乾隆帝又打算立这位嫡出的皇子为太子。

　　不料永琮刚满两岁，竟死于天花。皇后承受不住连续失去两个亲生的皇子给她带来的精神上的沉重打击。于永琮死后第二年春天，随同乾隆帝东巡时在途中染上伤寒，病重身亡。

　　史料记载，富察氏于乾隆十三年(1748年)从泰山回京途中病逝，由于富察氏与乾隆青梅竹马、两小无猜，而乾隆登基后，她替乾隆将后宫打理的井井有条，是非常好的贤内助，因此富察氏的死让乾隆万分悲痛。

　　从此以后，乾隆就再也没有从富察氏的死中恢复过来，再也没有人能够替代孝贤纯皇后在乾隆心里的地位。乾隆一辈子为富察氏作诗不下百首，就在去世前三年还亲自祭拜孝贤纯皇后，而此时皇后早已去世了四十八年。