然而世事难料，两人虽然恩爱异常，可是结局却是异常悲惨的。因为两个儿子的接连夭折，富察皇后受到了沉重打击，在乾隆十三年便病逝了，这时皇后才37岁。乾隆万分悲痛，并且亲自为皇后戴孝服期，这是非常少见的。在后来的初祭、大祭礼、满月礼等到暂安礼、周年礼、二周年礼等等，乾隆都亲临致祭，由此可知他对富察皇后的感情之深，乾隆还亲定皇后谥号为“孝贤”。

　　爱屋及乌，乾隆对富察皇后的子女和家族都异常宠爱，永琏在乾隆登基之初便被立为皇储;固伦和敬公主虽下嫁蒙古亲王但破例留驻京师，连公主之子也是乾隆亲自命名;永琮出生时，乾隆已有好几个儿子，可仍然最宠爱这个儿子，同样被内定为继承人。富察一族也因皇后而备受恩宠，妻弟傅恒位登首辅，出入将相;侄子福康安自幼被乾隆亲自教养，成为一代宠臣。乾隆对富察皇后的深情可谓是段千古佳话，他曾写到“三秋别忽尔，一晌奠酸然。追忆居中阃，深宜称孝贤。平生难尽述，百岁妄希延。夏日冬之夜，远期只廿年。”