2016年2月，金士杰做客《丁乃竺会客厅》;3月客串出演了由郭大雷执导动作喜剧电影《东北往事之破马张飞》，演绎一位老谋深算的“黑帮教父”;4月，凭借武侠电影《师父》馆主一角，获得第六届北京国际电影节最佳男配角奖;5月，客串了蔡岳勋执导的以都市小巷里深夜才营业的食堂为舞台的都市情感剧《深夜食堂》，饰演食客;6月，拍摄了由靳东、白百何主演的都市行业励志情感剧《外科风云》，出演仁合医院的老院长修敏齐;7月，为创意灵感源于《庄子.逍遥游》改编的奇幻动画电影《大鱼海棠》当中的掌管所有死去人类灵魂的灵婆配音;10月，加盟了由韩寒执导，邓超、赵丽颖、董子健联合主演的电影《乘风破浪》。

　　2017年1月，与卜学亮共同主演了改编自美国小说《相约星期二》的《最后14堂星期二的课》话剧;6月，拍摄都市时尚爱情喜剧《幽兰湖之御厨驾到》;6月，主演了孙周执导的反映现实的喜剧电影《时代狂人》;同月，参演电视剧《楚乔传》播出。

　　2018年10月31日，由杨阳执导的古装玄幻剧《将夜》在腾讯视频播出，金士杰在剧中饰演宁缺的符道师父颜瑟。