圣伯纳迪诺骨教堂在米兰大教堂旁边显得有点黯然失色和隐秘。敢于踏进教堂的人会充分感受到它深厚的遗迹，即使它可能会令你毛骨悚然。

其实这座怪异的教堂有着悠久而丰富的历史，就和它的人骨装饰一样。它的起源至少可以追溯到12世纪，圣托斯特凡诺大教堂对面新建了一家医院，医院旁边有一块墓地。在13世纪早期，墓地满了，1201年人们为遗骨建立了新的存放地。到了1269年，一座教堂，也就是圣伯纳迪诺骨教堂的雏形被修建起来。

几个世纪以来，这个小教堂是个不太起眼的地方。1642年，圣托斯特凡诺大教堂的钟楼倒塌，压在了两座教堂的遗骨室上。

教堂被严重损坏，需要重建。米兰当时最杰出的雕塑家之一毕费（giovanni andrea biffi）负责重建。毕费的作品在米兰大教堂也可以见到，那些俯瞰着唱诗班的精美的小雕塑就是他的作品。

1679年，毕费把遗骨室的骨头整齐放在墙边，用骨头装饰墙。30年后，教堂遭遇火灾，但是遗骨室幸存下来。火灾之后，遗骨室成了另一个建筑，成为了一个新教堂。1717年广受尊敬的建筑师卡罗 朱塞佩 梅尔洛（carlo giuseppe merlo）为教堂设计了礼拜堂。他的设计在18世纪中期完成，保存至今。梅洛也参与了米兰大教堂的建造。