1911年(宣统三年)，武昌起义爆发，清王朝的统治陷入土崩瓦解的状况。1912年1月12日，善耆与良弼、溥伟、铁良等组织“君主立宪维持会”(俗称“宗社党”)，反对南北议和与清帝逊位;1月19日，宗社党发布宣言，主张罢黜袁世凯，组建“战时皇族内阁”，由铁良任总司令，组织忠于清室的军队与革命军决战。1月17日，清廷召开御前会议，讨论溥仪退位事。溥伟竭力反对。1月26日，良弼被革命党人彭家珍炸伤，两日后死亡，宗社党胆落，王公亲贵纷纷逃匿。

2月，溥仪退位，清朝灭亡。在川岛浪速的怂恿下，2月6日，善耆携家人逃到旅顺，继续为复辟清朝而努力。来到旅顺后，善耆死心塌地投入日本人怀抱，鼓吹“中日提携”。1912年7月，日本明治天皇去世举行大丧时，他竟以清室贵胄之尊，身着丧服，斋戒素食，为其服丧三天。

肃亲王善耆

1914年元旦，大正天皇即位，他冒着刺骨的寒风登上旅顺白玉山，拜谒日本侵华将士的亡灵。为拉近与川岛浪速的关系，他还将最小的女儿、年仅六岁的十四女金璧辉送给川岛当养女。每逢川岛来拜访，他必带领全家老小到家门口排队等候，亲自上去拥抱迎接，还让最年轻的侧妃陪着川岛浪速畅饮。

善耆于1912年6月开始，全力组织“勤王军”来配合日本政府策动的“满蒙独立运动”。第一次，善耆准备在1912年9月20日起事。他将购买的大批军火伪装成农具，由公主岭运往内蒙古。可就在这批军火运抵郑家屯附近时，被吴俊升的军队截获，47辆大车全部被收缴。第一次“满蒙独立运动”就这样胎死腹中。

1915年，袁世凯称帝，善耆认为复辟的时机成熟了，便开始紧锣密鼓地活动。他的计划是：由辽宁千山的部队点起讨袁烽火，与巴布扎布的蒙古军队合力拿下北京，建立一个“包括内外蒙古、满洲三省和华北为一体”的大王国，然后请溥仪即位。为了计划成功，善耆动用了全部家财，把自己所有的农田、森林、金矿、牧场、煤矿都抵押了出去，向日本财阀大仓喜八郎借款100万元。