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2012年7月31日，“打假斗士”方舟子发布微博称“文学‘天才’蒋方舟在刚出道不久就被多位网友证明过是其母亲、作家尚爱兰的代笔，几年前她破格被清华录取时又被证明了一次。证据众多而确凿，较强的证据之一是尚爱兰写的和以蒋方舟名义发表的文章有大量的雷同，写穿帮了。”

2008年清华大学降60分调档录取蒋方舟。一则“清华大学有意降60分调档录取80后少女作家“的新闻在网上引起轩然大波，面对网友的种种质疑，蒋方舟于2008年7月8日晚在其私人博客发表了《我没有被破格录取》的博客文章，从五个方面回答了网友最关心的几个问题。她称她并没有破格录取，她一直按有关学校自主招生的办法。

随后，方舟子再次发布微博，截取蒋方舟9岁发表的《白字先生》中一段，作为质疑其作品有其母亲代笔的证据，蒋方舟9岁发表的《白字先生》说：“一个人总是有当‘白字小姐’或‘白字先生’的时代……我仍然没有摆脱‘白字小姐’的称号……去年我才突然发现，‘善良’的‘善’是四横，我写成三横竟然写了十年，也没有人发现。”在这条微博的最后，方舟子评论称“她在连受精卵都不是的时候就在写字了”。

蒋方舟在她作品中所使用的语言随心所欲，描写的对象还是行文的方式都绝少条条框框，显得很轻松，甚至有些任性。与传统的文学作品相比，乍看上去不容易让人接受，恐怕在应试教育式的命题作文考试中也很难得到高分。然而方舟的风格也得到了很多人的喜爱，除了一大批痴迷的小读者，许多文学界的专家权威也给予她很高的评价。

蒋方舟之所以引起社会的广泛争议，除了她作品的内容看上去特别大胆、另类以外，还在于她出奇的坦率直白。蒋方舟毫不隐讳自己成名成家的欲望。

生活中的蒋方舟除了出众的写作天赋以外，其他方面与一般孩子并没有什么差异。当方舟初次在报纸上发表作品，还以为编辑阿姨要“发给自己一块手表”，最后没得到手表大失所望。蒋方舟身上体现出来的，正是成年人不再有的率真与直来直去，尽管不太符合人们心目中好孩子的标准，也许人们对待她也应该更宽容一些。