1988年11月被选为苏共中央国际政策委员会委员，1989年4月任中央委员，1989年6月至1990年4月被选为苏联最高苏维埃联盟院主席，在1989年9月举行的苏共中央全会上，他当选为苏共中央政治局候补委员。1991年普里马科夫任苏联国家安全委员会第一副主席，1991年10月国家安全委员会解散，同年11月他被任命为新成立的苏联中央情报局局长。

　　1991年12月苏联解体后，他任俄罗斯对外情报局局长。1992年4月至1996年7月任俄联邦安全会议成员。1996年1月任外交部长，同年7月25日被任命为俄联邦国防会议成员(国防会议于1998年3月3日取消)，7月31日任安全会议常务委员。1998年5月成为俄政府主席团成员，同年9月11日任政府总理，9月30日任俄白联盟执行委员会主席。1999年5月被免去总理职务，同年6月免去安全会议常务委员职务。2000年7月任俄罗斯处理德涅斯特河地区问题委员会主席。还任国家杜马“祖国-全俄罗斯”党团主席。