黄檗文化根植于日本文化各个领域，繁花盛开，硕果累累。

豆角，是日本人非常喜欢吃的一种蔬菜，在日语中，人们把豆角称为“隐元豆”，简称“隐元”。原来日本豆角名字是以隐元禅师名字命名的，以示纪念隐元的传播。

隐元东渡时从福清带去许多菜种，他带去的豆角在日本也称为唐豆、四季豆、三度豆，由于日本气候湿润，很适宜“隐元豆”的生长，特别是像关西有的地方一年可种三季，且产量高，直到今天，隐元豆还是日本的主要蔬菜，日本人还把隐元圆寂的4月3日命名为“隐元豆日”。

当年，隐元把许多食品和日用品带到了日本，现在日本以隐元命名的食品和日用品，除了“隐元豆”之外，还有隐元馒头、隐元帽子、隐元头巾、隐元斗笠、隐元蒲团、隐元茶、隐元豆腐。在当时冠以“隐元”之名的，还有禅衣、行灯、唐纸、金锤等，不可胜数。与隐元相关的“黄檗莲”（即莲藕）等等以“黄檗”冠名的食物，也是由隐元禅师传播的。

隐元还是日本中国式素餐（普茶料理）的始祖。此外，中国音乐特别是福建南音、福建民间医学、福清黄檗寺的素食烹调方式和僧人会餐方式等也随隐元的东渡而在日本流传开来，对日本的社会生活产生巨大的影响。

在日本黄檗山万福寺通往伽蓝堂和斋堂的路边一侧有块木牌，写着“隐元豆：三百五十年前隐元禅师从中国传来”,记录着几百年来，隐元开辟日本黄檗宗对中日佛教文化交流的贡献，也印证了日本人对隐元禅师东渡传法的缅怀。