重兴黄檗寺

在隐元接任黄檗寺住持的那年十二月，隐元带领众僧在黄檗山卧云庵的周围，植下了数万株松树，并把“卧云庵”改名为“万松庵”.次年春天，隐元以千日为期限开阅《一切藏经》，直至崇祯十三年（1640年）结束。为了纪念中天正圆奏请神宗皇帝赐藏经之恩德，隐元建造了“中天祖塔”和“梅福庵”,并在梅福庵里安放中天与诸耆旧的牌位，以祀供奉。

在开阅藏经的同时，隐元开始了大规模重兴黄檗寺的规划。他找到了崇祯八年十二月古黄檗建筑图，古黄檗图上的古三门、天王殿、寺门、藏经阁、大雄宝殿是并列建在一条线上。其依次的顺序是：大殿的左方是东客堂与择木堂；右方是西客堂与方丈寮；殿的前方为禅堂；右前方为斋堂。寺门的左前方是钟楼，右前方为鼓楼。天王殿的左前方是伽蓝堂；右前方是祖师堂。外拱桥内有览秀阁，桥外有环翠亭；古三门内有纪游亭等建筑物。崇祯十三年（1640年），隐元开始了重建工程。他在大雄宝殿旧址上重建大雄宝殿，把过去的大雄宝殿改为法堂，藏经阁移到了西廊的后面，在云厨的前面新建了斋堂。经过4年的努力，黄檗山的殿、堂、楼、阁、寮、房的兴造基本结束。隐元的弟子独往性幽在重修《黄檗山寺志》时写道：重修后的黄檗寺建筑物有方丈、择木堂、大雄宝殿、法堂、禅堂、学事堂、云水堂、应供堂、藏阁、钟鼓楼、刷印楼、库司寮、东廊、西廊、首座寮、化主寮、西堂寮、书记寮、知客寮、典座寮、杂务寮、什物寮、行堂寮、米房、礁房、茶房、小菜房、园房、田房、圊房、浴房、直牲房、牛房、三门、纪游亭和茶亭。

清顺治三年（1646年）正月二十五日，隐元再次回到了黄檗山，直到顺治十一年五月为止，隐元在黄檗寺居住了9年又4个月。回山两年后，隐元开始黄檗山的庵和塔的建造。顺治五年冬，他修造了“海会塔”.顺治七年，在寺的左边建造翠竹庵。次年，在桑池园的左边重修“上善塔”、寺的左方狮子峰建“狮子庵”、寺的前方吉祥峰的右边建造“水月庵”.顺治九年，在寺院的后面罗汉峰的左边建造“绛节庵”.在这之前，狮子峰东边的“白马庙”和香炉峰后的“三宫庵”,因年久失修，而成为了民宅。隐元从村民手里把它买下，并于顺治六年与八年，重修了“三宫庵”和“白马庙”。