《蝙蝠侠大战超人》故事发生在《超人：钢铁之躯》中大都会之战之后。在那场战斗中许多建筑和市民惨遭波及，这就包括属于布鲁斯·韦恩的韦恩大厦。如今，许多人把具有超凡力量的氪星人卡·艾尔当作凡间之神来膜拜，身处险境的时候会祈求他的救助，但同时，超人也因与佐德之战对城市造成的破坏而遭到逮捕和审讯……一度成为都市传说的蝙蝠侠重新出现在人们面前，他似乎正是为了惩罚超人而来。