崇祯时期的锦衣卫势力远没有以前那么昌盛了，东林党扳倒阉党后，又把苗头指向锦衣卫，当年很多大臣都受过锦衣卫的迫害，东林党掌权后又建议崇祯整顿锦衣卫，所以逐步取消了锦衣卫的监察权和审问活动，《明史·刑法三》记载锦衣卫“亦无意刻核，刑罚用稀，厂卫狱中至生青草”，崇祯时期的锦衣卫虽然还掌握在皇帝手中，但基本没多少作为了，监狱因为常年不使用而长满了青草。

图为明英宗时期，锦衣卫指挥使马顺的朝参牙牌，当年土木堡之变，皇帝被俘，大臣们在朝堂上争吵斗殴，锦衣卫指挥使马顺被活活打死。

由于锦衣卫的恶名已深入民心，人人谈之色变，虽然真正的锦衣卫已渐生萎靡，但民间冒出了很多假的锦衣卫，到处为非作歹，比如《明史》卷95记载，崇祯4年，给事中许国荣上奏折，说有很多奸昆恶少冒充锦衣卫坑害百姓，崇祯15年，御史杨仁愿上书，有很多流氓、奸棍假称锦衣卫，到处抢掠刮榨，报到府衙，官员竟然也分不出真假，甚至伙同一起为非作歹，真真假假，乌烟瘴气，明末整个社会到了崩溃的绝境时，曾经不可一世的锦衣卫也想着退路。

蒋瓛，明朝第二任锦衣卫指挥使，蓝玉造反案就是他告发并参与屠杀，图为当年蒋瓛巡视各地时，路过红岩堡，留下留下“黄金门堡”摩崖石刻，距今600多年。

俗话说，树倒猢狲散，对于锦衣卫来说，李自成攻破北京之际，锦衣卫已经分崩离析了，有的战死，比如锦衣卫指挥同知李若琏，守崇文门时被农民军击毙；有的逃亡，比如锦衣卫指挥佥事王世德，北京城破时逃往江南地区隐居，那时民间都骂朝廷黑暗腐朽，曾作为宫廷内侍的王世德死前留下《崇祯遗录》，对崇祯大力粉饰，为朝廷开脱；更多的锦衣卫投降了李自成或清军，比如锦衣卫指挥使骆养性，北京城陷时跪迎闯王，还献上自己的3万两家财，清军来了又投降多尔衮，任天津总督，可以想想，连锦衣卫指挥使，大boss都投降了，那底下的小弟们不成群的跟着投降么。

其实骆养性出生挺好的，他们家6代人在锦衣卫供职，有3人做到了指挥使，在今天的湖南永州还有明朝骆氏的祖屋，万历的匾额，建筑富丽堂皇。

特别是李自成大兵东进时，锦衣卫们也担任了各城的守备任务，但从宣府到北京城的数百里城塞，仅7天就打到了北京城下，而各城打开城门迎闯王的正是锦衣卫们，围攻北京城时，农民军伪装成大量贩夫走卒进城，锦衣卫视若无物，大厦倾倒时，随着锦衣卫使骆养性投降，众多锦衣卫成了墙头草，有的投降了农民军，有的投降了后来的清军，散落在各地的锦衣卫有的隐姓埋名，有的聚拢归了南明，有弘光政府的锦衣卫指挥使马銮、永历政权锦衣卫指挥使马吉翔、李元胤等，说好听点15万锦衣卫，最后能跟着明朝走到底的少之又少。