杨过修炼的《九阴真经》有三个来源。

一，王重阳所刻下的专门克制玉女心经的九阴真经。这一部分的内容主要是克制林朝英所创的《玉女心经》的招式。王重阳有一个红颜知己，名为林朝英，二人本可成为神仙眷侣，但阴差阳错，林朝英又过于强势，于是二人失之交臂。林朝英死前，曾创出一部剑法《玉女心经》，招招试试都是克制王重阳所创出的《全真剑法》，王重阳苦思三年，不曾找到克制玉女心经的招数，直到后来看到九阴真经才醍醐灌顶，于是将《九阴真经》中克制《玉女心经》中的招式，刻于活死人墓中的石棺密室上。后来杨过和小龙女被李莫愁设计，进了存放石棺的秘室中，在生死关头，发现了密室中所刻的九阴真经中的武功招式。于是凭借着这一点，冲破了穴位，走出了困境。

二，被加工过的欧阳锋版本。杨过走出困境不久，便遇到了疯疯颠巅的义父欧阳锋，欧阳锋见到杨过，满心欢喜，将伴随杨过的小龙女点倒之后，便早已背静的地方。将蛤蟆功和逆九阴真经的要旨传授于杨过。但是，欧阳锋所传的九阴真经的要旨却是前后颠倒的，因为黄蓉和郭靖被欧阳锋所迫，而传给欧阳锋的九阴真经要旨，本身就颠倒错乱，而杨过此时已学过部分九阴真经，自然能意识到欧阳锋的九阴真经有问题，因此在杨过闯荡江湖的时候，并不曾多用九阴真经。

三，郭靖的正宗九阴真经。杨过虽不能理解欧阳锋版《九阴真经》，却强记了要旨口诀心法，因为欧阳版的九阴真经与王重阳所刻下的克制玉女心经的九阴真经有重合部分，杨过在修炼过程中定会产生疑惑，而这个迷惑一定会向着郭靖求教，因为当时郭靖已经是人所共仰的武学大家。而杨过又在郭靖抗蒙的襄阳城中住过一阵子，且郭靖宽厚大度，把杨过看作自己的亲子侄，对杨过爱护有加，如果杨过有疑惑，郭靖一定知无不言，言无不尽，甚至会把九阴真经的原著借于杨过。这也是为什么到了《倚天屠龙记》中，杨过的后人，黄衫女会，九阴真经中所记载的上乘武功"九阴白骨爪"。