大额存单属于存款，如果商业银行倒闭，会触发存款保险条例，存款保险基金会为存款人兑付不超过50万元的本息。

超过50万的部分怎么办呢？

超过50万的部分就要遵照《商业银行破产法》的规定按顺序进行清偿。具体顺序如下：

1. 支付破产费用。这部分费用包括破产案件的诉讼费用，变卖资产的费用等。
2. 支付职工工资和相关劳动保险。无论是一般企业破产还是商业银行破产，员工都是最直接的受害者，理应靠前赔付。
3. 支付存款人的本金和利息。这里注意一点，商业银行法要求，要优先支付个人的存款本金和利息，最后再支付单位的存款本金和利息。
4. 所欠的税款。

以上是现行法律的规定。大额存单属于个人存款，是可以优先兑付的。那现实操作又是如何的呢？

由于商业银行破产属于发生概率极低的案件。现实中可参照的案例不多。最具代表性的要属海南发展银行的破产案例了。

海南发展银行在破产时经历了以下几个步骤：

1. 海南发展银行向当时的人民银行申请破产，准许后才走入了破产流程。这也是相关法律的要求。这样要求的目的是本着“能治则治”的原则，尽可能减少商业银行破产造成的社会影响。
2. 派驻清算小组。由各方面人员包括员工代表，会计师，股东代表等成员组成清算小组能够让各方的权益得到主张。
3. 由工商银行接管。后续老百姓可以持海南发展银行的存单到工商银行进行兑付。这一条极具借鉴意义。五大行存在的意义在这一刻被彰显的淋漓尽致。

总结：

遇到商业银行破产，大额存单先是会被存款保险基金做第一层保障，其次会被优先清偿来做第二层保障，最后再由五大行接管做第三层保障。三层保障足能够帮助存款人让损失降到最低。