建议直接通过行政复议或者行政诉讼的方式，以交通局为被申请人或者被告，通过法律法律解决。需要说明的是行政复议不收钱，行政诉讼一般每件收费50元，可以考虑一下。

首先处理非法营运针对的应该是非法营运的驾驶员，而不是车主。车主早就可以提起行政复议了。想必是驾驶员一直没有去处理非法营运的事情，所以车辆一直被扣。但毕竟驾驶员不是车主，车主早就应该维护自己的权利了。

其二 不清楚车主是哪里的人，非法营运，听过被抓罚1万块的，也听过被抓罚3万块的，但是直接罚5万块，这么高额罚款的非常少见。车主还是要求交通局提罚款的，明确法律依据，否则就属于乱罚款，是可以向监委举报的。

其三既然车辆被扣三年，那么就会产生一个巨额停车费的问题，建议车主先一分钱都不要交，直接写个书面申请要求交通局返还车辆，交通局拒绝的话，车主可以直接提起行政复议，大不了再去行政诉讼，一套法律程序走下来，到底是怎么回事就比较清楚了。