是不是合法，需要根据具体情况进行分析。随着科技进步，各种支付手段和方式也不断在更新。虽然在日常生活当中，微信和支付宝已经成为了我们不可或缺的支付手段之一，但在发放工资的事情上还是要多加注意。要关注这样的做法是否存在相关的风险，同时也要考虑对于企业和个人的利弊。

通过微信发放工资的，多数情况是从老板的私人微信账号转账到员工的微信上，那么这一部分钱可能并没有通过公司的对公账户。所以可能会存在相关的风险：

1. 对于企业的风险

（1）老板私人账户上的钱从何而来？是不是通过虚开发票的方式从公司套取的资金，如果当中某个环节涉及到虚开发票，那么对于公司和老板来讲是非常高的风险。

（2）通过走外账的方式来发放工资，那么是否可能存在漏交个人所得税、社保、公积金的风险。今年出台了新的个税政策，社保也逐渐改由税务征管。这使得企业用不合规的方式来规避个税和社保的行为风险进一步加大。

（3）不管是审计还是涉及到司法案件，常用的证据链是银行水单。微信记录本就可以删除，需要运营的公司提供完整的记录。不仅有获取的难度，还需要进一步验证每个微信账号的实名问题，才能最终确定，相当繁琐。

2. 对于员工个人的风险

虽然通过部分工资不入账的方式可以降低社保基数，使得员工到手的工资变高，但从长远来看，员工并不划算，并且还会存在着一定的风险。

（1）员工默许老板通过微信转账来降低登记的工资基数，会存在漏交个税的风险。今年对于个人所得税已经纳入了个人的征信。如果个人涉及到偷逃税的，可能会对个人的征信产生严重的影响。

（2）降低了个人的社保缴费基数，可能会影响个人退休后的养老金金额，从长远来看未必划算。

（3）如果员工涉及到离职，会难以向下家提供这家公司的薪资证明。同时，如果涉及到离职补偿金的，计算基数也会较低。

（4）此外，在员工的生活当中，可能会涉及到多项需要提供薪资证明的情况，比如，办理出国签证落户等，微信转账这部分就难以提供证明。

当然微信里的钱如果太多了，使用起来也会有诸多不便，还可能涉及到手续费的问题。

总之，就目前来说，通过银行发工资还是更为规范的做法。对于员工来说，也需要更多地考虑到长远的利益，不要给自己增加额外的风险。对于已经用微信发放工资的，可以考虑用盖章的工资清单作为佐证，并要求公司后续按照规范的方法来发放。