光绪元年（1875年），左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务，并于光绪二年（1876年）4月率军进疆，历时近两年，于光绪三年十一月二十九日（1878年）1月2日，收复了除伊犁地区以外的新疆大部。那么左宗棠为何不趁机收复新疆全境呢？此事还得从头说起。

△左宗棠

中亚浩罕汗国阿古柏侵犯新疆，英、俄势力趁机进入新疆

同治三年（1864年），受太平天国运动和陕甘回民暴乱影响，新疆维、回等族在天山南北发动起义，结果导致新疆分裂为五个割据政权，就此陷入民族仇杀和各政权争权夺利的混乱局面。

△新疆维族起义

之后，喀什噶尔的封建主金相印和司迪克向浩罕汗国请求迎回张格尔（新疆伊斯兰教白山派首领）之子布素鲁克，浩罕汗国逐派军官阿古柏于同治三年（1864年）十二月侵入南疆，之后驱逐司迪克，强占喀什噶尔新城，之后不断扩大地盘，后于同治六年（1867年）建立“哲德沙尔汗国（洪福汗国）”，自立为汗。之后，又于同治九年（1870年）侵入北疆。

沙俄实际上对新疆地区早已垂涎已久，早在咸丰十年（1860年）时，沙俄便开始在新疆的边境问题上不断向清廷施压，最终于同治三年（1864年）迫使清廷签署《中俄勘分西北界约记》，割占了中国西北四十四万多平方公里领土，但沙俄的野心又岂止于此。

△同治十二年（1874年）新疆局势

阿古柏建立政权之后，沙俄也于同治十年（1871年）出兵强占伊犁地区，想要以此作为全面侵入新疆的桥头堡，并防止阿古柏建立“亲英统治”。同治十一年（1872年），沙俄承认阿古柏政权，并与其签订通商条约。

与此同时，英国也在觊觎喀喇昆仑山以北的中国南疆地区，曾多次派人进入南疆活动，并趁着阿古柏对沙俄的疑惧心理，于同治十二年（1874年）2月2日与阿古柏签订正式条约，英国在阿古柏统治区通商、驻使并取得诸多特权。

△左宗棠

对于新疆局势的恶化，起初清廷并无过多精力关注，直到沙俄突然入侵伊犁，并意图强占乌鲁木齐，这才引起清廷的警惕。不过，由于清廷当初面临的局势，暂时还无法通过武力收复，即使左宗棠原本的计划也是率先平定河湟马占鳌等部回乱，因此清廷最初选择了与沙俄谈判，直到谈判无法取得进展，这才开始重视使用武力手段。

左宗棠出兵收复新疆，但对沙俄侵占的新疆无可奈何

事实上，早在光绪元年（1875年）被任命为钦差大臣之前，左宗棠便一直在关注着新疆地区的形势，且制定出了缓进急战、先北后南的战略方针，并筹集军饷、采运军粮、整顿军队、改善装备，已经提前完成了率兵西进的前期准备工作。

△收复新疆功臣刘锦棠

光绪二年（1876年）4月底，左宗棠命总理行营营务、湘军统领刘锦棠率马步25营分批入疆，经哈密前往巴里坤，随后命令道员刘锦棠总理行营营务，率湘军25营主攻乌鲁木齐；提督徐占彪和张曜各率所部驻守巴里坤至哈密一线，防敌北窜东逃。

同年7月至8月，清军取得“古牧地之战”胜利，随后趁乌鲁木齐守备空虚之际迅速挺进，旋即收复乌鲁木齐。同年11月，清军耗时两月，以伤亡上千人的代价，攻克玛纳斯。至此，北疆地区除伊犁之外，所有敌占据点全部克复。但因冬季来临、大雪封山，清军不得不停止进攻，进行休整，待天气转暖后再向南疆进攻。

光绪三年（1877年）4月14日，清军经过充分准备，开始向南疆进军，并趁敌不备迅速包围并攻克达坂城。4月26日，清军数天之内便迅速攻克托克逊、七克腾木、克辟展、胜金台等地，并在随后收复吐鲁番，就此打开南疆门户，而南疆人民也纷纷发动起义，反对阿古柏的统治。

同年5月，大势已去的阿古柏逃至库尔勒，结果气急暴病而死（另有服毒自杀、被人毒死和被部下打死之说），而阿古柏的次子海古拉也随后因火并身亡，其长子伯克·胡里在喀什噶尔称王，继续顽抗。

△左宗棠抬棺出征

同年9月，清军乘秋高气爽之际，开始部署收复南疆八城之战，结果仅用时4个月，便于光绪三年十一月二十九日（1878年1月2日）迅速收复了南疆各地。至此，清军收复新疆之战宣告结束，除伊犁地区之外，新疆大部重新回到清廷统治当中。

左宗棠为何没有趁机收复新疆全部？主要源于清廷畏惧于沙俄力量

左宗棠之所以没有收复伊犁地区，最为主要的原因便在于沙俄，虽说沙俄侵占伊犁地区并不合理，而左宗棠对于沙俄的野心也并非没有警觉，但由于此事关系甚大，左宗棠不敢擅自做主以武力收复，而清廷方面也不愿因此与沙俄开战。

△崇厚

于是，清廷于光绪三年（1878年）6月，任命崇厚为钦差大臣，赴沙皇俄国谈判收复伊犁事宜，结果崇厚在沙俄的胁迫下，未经清政府允许，便擅自与沙俄签订了《交收伊犁条约》、《瑷珲专条》、《兵费及款专条》以及《陆路通商章程》。按照条约规定，清廷不不仅将失去大片领土，还要赔款500万卢布，而得到的不过仅仅是伊犁九城而已。

此条约的签订使得国内一片哗然，清廷也认为“俄人与崇厚所议约章，流弊甚大”，拒绝批准，并将崇厚革职治罪。沙俄则趁机施展外交压力和军事威胁，意图迫使清廷承认这些条约，而左宗棠也不甘示弱，不顾已年近七旬的高龄和带病之身，开始部署军队，准备武力收复伊犁。

然而，清廷根本不敢与沙俄开战，连忙于光绪六年（1880年）2月19日任命大理寺少卿、驻英法公使曾纪泽为钦差大臣，再度赴沙俄进行谈判，希望对方能够挽回一部分主权，曾纪泽虽然与沙俄方面据理力争，但清廷却“深恐大局不可收拾”，立即指示曾纪泽作出更大让步。

结果，双方于光绪七年（1881年）2月24日签订《伊犁条约》，并签订了关于赔款交纳办法的专条、中俄《改订陆路通商章程》及其附件《俄商前往中国贸易过界卡伦单》。清廷虽然收回了伊犁九城及特克斯河流域附近的领土，但仍割让了塔城东北和伊犁、喀什噶尔以西约7万多平方公里的领土。