明朝的两京制度在历史上不是独有，以往的朝代都有设多个京城，称为陪都，比如隋唐也是长安洛阳两京制，北宋是四京制，辽和金还是五京制，所以这套管理制度应用比较成熟，大的方面不会出现混乱，当然局部肯定会有亢杂的现象，唯一不同的是，以往朝代多京制度，陪都除大肆修建，多派兵多派官外，其政治体系基本空设，而明朝却实打实的搭起官僚班子，还一直在运作，但混乱的情况也不会发生。

图为南京朱元璋孝陵。

老朱家打下江山，以应天为南京，定都于此，没多久成祖朱棣“靖难”成功，迁都北京，其实在成祖、仁宗、宣宗时期，北京、南京的地位并没有确定下来，当时的皇帝在北京，太子在南京监国，可能这段时期，两套班子为争权有混乱产生，直到明英宗时期，也就是1441年，正式定都北京，以南京为陪都，从此确立了南北两京制度。

图为南京兵部尚书吕维祺，明末倾其所有家财赈灾劳军，城破后自尽。

两京制度的确定，权利划分就清晰了，北京是中央朝廷，而南京是守备机关，一切以北京为主，南京撤销太子监国，也不委任藩王或勋贵居守，除了内阁、司礼监等内府衙门外，其他六部等中央机关的班子都保留，特别是国子监和科道场子比北京办的还红火，但是各部从不给配齐官员，六部不是缺尚书就是缺侍郎，都察院不是缺左就是缺左副，所以，尽管南京保留朝廷班子，但一直处于缺丁少员的状态，不能自成体系。

中国现存最大、保存最完好的瓮城是南京的中华门。

另外，确定两京制度后，将南北二京划为直隶中书省，也称为南直隶和北直隶，而南直隶所辖的应天等府州直隶于南京朝廷，所以南京朝廷的管辖范围仅为应天府下辖的几个州县，说白了，就是南京城那一小圈儿，以外的地方无职权插手，所以南京朝廷虽存在，但权力范围有限，工作量小，平时管管辖区的漕运和赋税，修修皇城，看守着老朱的皇陵，是官员的“养老”圣地。