相对于第一次忍界大战，岸本对于二次战争的刻画多了很多细节。这些细节都是后来各种剧情的起点，可以称得上是伏笔了。

在二次大战爆发于一次大战结束后20年，这20年间忍界各国遵守和平条约各自发展，但最终结果却并不平衡。有些国家和村子占尽地理，发展的就很快。另外一些比如砂隐村这样的地方，遍地黄沙，越发展就越落后于其他村子。

最后为了获得所谓的“公平”，二次大战爆发。

这次战争有一个小国参战了，就是雨之国。因为身处三大国的中间地带，战争爆发后沦为火之国、风之国、土之国的战场，整个雨之国陷入全面战乱。

接下来这些事情，全是发生在上述背景下的。

1.三忍成名

大蛇丸、自来也、纲手三个人当时还是普通忍者，之所以后来以三忍成名，全是因为他们三个跟雨忍村领袖半藏交手后得到了半藏的认同。

那时的半藏是真正的老前辈，实力和胸怀都足够令人尊敬，所以留了三忍的性命，这才有了之后三忍对木叶的贡献。

2.弥彦、长门、小南登上历史舞台

同样是大蛇丸、自来也、纲手三个人，在某次战斗后遇到了弥彦、长门、小南，从此改变了整个忍界。

自来也教这三个孩子学习忍术，这就是后来晓、佩恩六道的开端，甚至长门一度被认为是预言之子。

而长门也是在这个时候被移植了轮回眼，卷入了复活斑的计划。

3.千代使用毒药，纲手研发解药

砂隐村的千代婆婆很讨厌纲手，因为纲手当年是千代的死对头。

战争中的砂隐村使用了千代研究出来的毒药，纲手却用她的医疗知识迅速研究出解药，这两个人不断研发新的毒药和解药，最后还是纲手更胜一筹。

4.木叶白牙杀死蝎的父母

木叶白牙在第二次忍界大战中杀死了蝎的父母，只能说他执行了忍者的本分。毕竟那是敌对状态，白牙不杀对方，对方就会杀了白牙。

不过这个行为也导致了蝎失去母爱，千代传授其傀儡术，间接制造了赤砂之蝎，后来变成了一个不小的麻烦。

5.纲手失去爱人和弟弟

纲手的爱人加藤断和弟弟绳树死于这场战争，纲手因此开始恐血。身为医疗忍者却恐血……这从技术层面上就无法解决……

这导致纲手后来一直沉迷赌博无法自拔，还差点被大蛇丸诱惑去复原大蛇丸的双手，直到被鸣人解开心结才正式出任火影。

晓、佩恩、蝎、半藏、轮回眼、斑、三忍……这场战争出现了太多的新人，这些新人之间的关系错综复杂，最后造成了整个忍界的大矛盾——关于和平与战争的矛盾。