蒙古最为强大的时候，自然不必多说，然而当时间来到明朝末期，草原上的蒙古诸部早已不复往日荣光。在中兴之主达延汗去世之后，虽然他的后裔仍然保持着汗位，但蒙古各部实际上已经处于半独立状态。后金崛起之后，库图克图汗（即林丹汗）也曾做过最后的努力，然而随着后金的连拉代打，库图克图汗最终战败身亡，蒙古诸部要么被消灭，要么归附于后金。

△明末时期的蒙古诸部

库图克图汗的最后努力，终究以失败告终

自元朝灭亡之后，由于明朝的羁縻政策，蒙古各部长期处于长期分裂之中，虽然在达延汗统治时期一度实现中兴，但在达延汗去世之后，虽然汗位得以在其后代中得以传承，但由于长期实行“联邦制”统治，蒙古各部实际上又处在了半独立状态。

△努尔哈赤通过联姻向蒙古渗透

因明朝经略辽东失败，从明隆庆四年（1570年）开始，在努尔哈赤的率领下，女真开始崛起于辽东，在多次尝试入关均已失败告终之后，努尔哈赤一方面积极巩固在辽东的统治，另一方面则开始通过联姻向蒙古拓展，先后与科尔沁部、扎鲁特部结成了联盟。

明天启七年（1627年），看出后金狼子野心的蒙古库图克图汗（统辖察哈尔部），为了巩固自己对草原的统治，并有效抵御后金向蒙古的渗透，在暗中积蓄了一定力量之后，库图克图汗先后派兵收复了右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，并与喀尔喀部的却图汗结成联盟。

△影视剧中的库图克图汗（林丹汗）

明崇祯元年（1628年），朵颜兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、鄂尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部联合组成大军十万，公然对抗库图克图汗，并在土默特的召城一战中，消灭库图克图汗精锐兵力四万余人，导致库图克图汗实力大为削弱。此战结束后，土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免库图克图汗的报复，就此倒向后金。

面对蒙古各部内部的分裂，皇太极于同年派贝勒阿济格与老哈河上游受库图克图汗统治的喀喇沁部会盟，共击库图克图汗。同年九月，皇太极又亲率大兵至绰洛郭尔，宴会察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等部领兵前来的诸首领。

△影视剧中的皇太极

此后，库图克图汗虽然空有可汗之位，但实际已经陷入了孤立无援的境地，面对后金和蒙古各部联军的多次进攻，他只能被迫退出西拉木伦河流域，迁至归化城（今呼和浩特）固守。

皇太极向库图克图汗发动最后攻击，一举拿下草原蒙古各部

库图克图汗西迁之后，虽然获得了富庶的蒙古右翼故地，但由于此前和后金共同攻灭内喀尔喀，此后又杀了外喀尔喀诸部派到右翼的使者，导致漠西和漠北彻底不再臣服于自己，而漠南则在他的打击之下，纷纷投靠后金。此时的库图克图汗空有可汗之位，却已经落到了“插有马约备仅收四万，插众不满五万”的境地。

△库图克图汗西迁后局势

明崇祯五年（1632年）3月，皇太极瞅准时机，准备对已经穷途末路的库图克图汗发动最后的攻击，于是传令归顺后金的蒙古各部率军集结。同年四月，科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的台吉会于西拉木伦河岸，聚集起来的蒙古各部兵力多达10万。

在得到大兵压境的消息后，库图克图汗明知不敌，只得率众仓皇西逃。皇太极则兵分三路，狂追库图克图汗41天，于五月下旬夺取桂花城，得知林丹汗已经南渡黄河而去，皇太极这才停止追击，经宣府、张家口返回，途中则收拢了林丹汗所遗部众数万人。而库图克图汗则一路逃至青海，却已经流失了大量部众，身心疲惫的库图克图汗最终于两年后在大草滩病逝。

△库图克图汗逃至青海后局势

库图克图汗病逝之中，其遗孀们带着他的儿子额哲，以及余部自青海大草滩返回河套地区，外喀尔喀的车臣汗硕垒写信给额哲，希望他能够移帐漠北，然而还不等他考虑明白，皇太极便再度拍马杀到。

明崇祯八年（1635年）二月，皇太极命令多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，再度远征察哈尔，并于四月二十日渡过黄河，趁着大雾包围了额哲营帐，派苏泰之弟南楚劝降。大势已去之下，苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部收归后金版图。

△额哲投降，蒙古灭亡

皇太极得此传国玺，被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻辰汗”。次年，即崇祯九年（1636年），皇太极建立大清帝国。

后来，清朝统治者将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。康熙年间，林丹汗的孙子布尔尼举兵反清，旋即失败，蒙古帝国香火传承就此断绝。