F35着火这根本不是事，这个环节才是JSF项目最大问题。9月，在F－35宣布具备初始作战能力之后仅仅一个月，“闪电II”就遭遇了隔热材料脱落和飞机起火的事故。但是，美国空军认为，F－35在发展过程中遭遇停飞等挫折其实并不是问题，项目的成本控制才是JSF得以继续向前推进的关键。美军得出这一结论，其实是评估了F35项目历史之后做出的科学评估。

从历史角度分析，在F－35项目的起步阶段，美国空军曾经制订了采购1700架F－35A的目标，初始阶段每年采购110架，加速退役F－16战斗机和A－10攻击机，不再对这2种机型进行延寿升级。不过，由于预算削减采购计划受到影响，目前已经降至每年采购48架，但是在这种生产速度之下，要到2040年代才能完成现有机队的换装任务，届时一些早期批次的F－35将开始退役。卡莱尔表示，每年采购80架的目标比较合适，目前的最大问题是预算情况难以支持这个目标。美国空军制订的折衷目标是每年采购60架F－35，但是这个目标能否实现卡莱尔也不敢保证，形成最终决策的日子还要无限期往后推迟。

从1990年代启动F－16战斗机换代项目以来， F－35已经成为美军发展时间最长的项目，当初的项目名称是“低成本轻型多作用战斗机”（CALF）。同时，美国国防部针对后冷战时代军费削减的实际，将美国海军换代A－6中型轰炸机（A/F－X项目）和AV－8B“鹞”战斗机（ASTOVL先进短矩起降/垂直降落项目）与美国空军的项目整合，最终形成了“联合先进打击技术”项目（JAST）。项目最初由美国空军少将乔治·缪尔纳负责协调，平衡三个军种对飞机完全不同的作战需求。

缪尔纳曾经担任内华达州美国空军格罗姆湖基地的指挥官，而格罗姆湖基地是美军的先进飞机试飞基地，负责几乎所有早期隐身飞机的试飞，因此缪尔纳对于隐身和其他先进技术很熟悉。另外，因为工作性质的原因，缪尔纳与相关的研究机构、公司也很熟悉，加之他灵活的政治头脑，所以被选为JAST计划的负责人。缪尔纳上任之后一直为JAST项目省钱的终极目标而努力，在STOVL型的通用化难题得到解决的前提下，将CALF并入JAST，让JAST涵盖整个美军空中力量的下一代先进战术飞机，通过把产量提至极限来进一步降低成本至最低限度。

1996年，美国国防部将2个项目合并为“联合攻击战斗机”项目（JSF）。缪尔纳认为，在JSF项目之下，各军种都能满足80%的作战需求，采购价格也能被军方接受，当时使用的相同或非常相似的发动机、模拟器、部件和后勤支持系统，也将使用各军种获得更大的成本效益。但是，F－35项目在那时的最关键环节就是继续降低成本，改变美军战斗机50年来成本持续上升的局面，以便各军种更好地进行战斗机的现代化升级。

JAST变成JSF项目之后，使各大制造商之间的竞争也更加明了，基本明确了美军战斗机生产未来30年的格局。当时，波音、洛克希德·马丁和麦道等公司都参与了项目竞争，但是麦道公司无法降低研发成本，在1997与波音合并，2001年诺思罗普·格鲁曼和BAE系统公司与洛马建立伙伴关系之后，形成了两大承包商共同竞争JSF项目的局面。同时，英国作为JSF项目的合作伙伴，负担了20亿美元的现金成本，换取了在作战需求方面的发言权和在国内生产飞机的权利，随后又有7个伙伴国家加入，分别进行不同程度的资金和技术投入。

为了落实国会的要求，五角大楼从波音和洛马分别订购了一架原型机，验证低成本的设计得制造方式，实现隐身、垂直起降、航母舰载、先进传感器和航电系统等多方面要求，尽管分为三种不同机型，但是各军种飞机使用相同部件的比例高达75%。波音公司的验证机X－32采用单进气道设计，用涂覆吸波材料的整流片作为“雷达屏障”遮住发动机的正面，雷达波拐弯抹角地通过整流片的间隙进入进气道，在里面来回反射时每反射一次也会在涂覆吸波材料的内壁上被吸收掉一点，最后只有极少的入射能量得以形成回波，从而达到隐身的目的。洛马公司的验证机X－35采用双S进气道，完全隐藏风扇叶片，在STOVL型设计了升力风扇，发动机喷嘴能够旋转朝下，与俄罗斯的雅克－38类似。波音的垂直起降方式则是与F－22类似的二维矢量喷嘴。

波音X－32首先试飞，但是洛马X－35一经试飞就实现了超越，尤其是垂直起降型X－35B，一次试飞就完成了起降、超声速飞行、旋停、降落等测试项目。2001年10月，美国国防部宣布X－35赢得了JSF项目，同时英国国防部也宣布选择了X－35，最终的飞机也是以X验证项目代号35命名为F－35，而不是跟随F－22和F－23命名为F－24。