在前往阿普拉军港的途中，旧金山号攻击型核潜艇不但得到多艘拖船的护卫，而且也有P-3反潜巡逻机和MH-60飞机从高空进行监视，保障整个护送工作的顺利完成。

对于这种在外海受损的船只，美国海军有着丰富的处理经验。早在第二次世界大战时期，就有不少战舰在珍珠港等地经过仓促维修，然后再返回本国进行彻底的修理。

旧金山在阿普拉军港的干船坞里，更换了一个直径为6米的钢质艇首。二战期间，美国有许多军舰也曾发生过舰首断掉的情况，基本上都是在更换舰首之后，再返回本国进行根本性的修理。

在阿普拉军港的干船坞里面进行维修的旧金山号攻击型核潜艇。完成维修之后，该艇离开关岛，并独自回到美国本土的布雷默顿。在返回本国的途中，旧金山号曾经途径夏威夷。回国后，该艇经历的近4年左右的维修和检测，到2009年的时候，才再次下水并执行任务。

不得不说，旧金山号核潜艇的确显示了该艇良好的气密性和不错的损管水平。如果是换作俄罗斯的潜艇，可能还真回不来。例如，库尔斯克号在相撞之后，最终结果就是沉没。

结束现役生涯之后，旧金山号攻击型核潜艇将前往诺福克，被当作核反应堆训练舰继续使用。按照美国军方的说法，该艇的退役属于是提前退的。这可能是因为后续弗吉尼亚级潜艇进展顺利，因此可以把一些老艇给退掉。

从服役年龄来看，旧金山号在经历35年的风雨之后，退出了美国海军的现役位置。实际上，要算核潜艇出海执行任务的时间，则更少。它仍然有很多潜力可挖，但对于美国海军来说，这艘艇毕竟出过事，很晦气，有条件让它离开海军，还是早点退了的好。