俗话说 ：“狡兔尽，走狗烹 。”革命功成，天下抵定，龙袍加身，朱元璋开始利用特务组织对功勋卓著的文臣武将实施大规模的有计划有步骤的清洗，但是所有姓朱的都没事，只因朱元璋相信“血浓于水”，认为只有自家人才不会造反。

开国元勋李善长在朱元璋封赠的功臣中位列于第一，朱元璋把他与汉初的萧何相比，因此对他的猜忌也最大。李善长在受封的第二年即被迫称病退休，回家闲居。朱元璋仍不放心，非要把他置之死地而后快，终于在九年以后，借胡 惟庸谋反案把李善长牵连进去；并指使朝廷的监察官员指控李善长知情不报，犯下了大逆不道的罪行。恰巧当时天象上出现了预示灾异的星变，按古代的政治迷信，必须杀大臣才能压住可能出现的灾难。朱元璋遂乘机下诏处死李善长。他全家七十余口也全都惨遭杀害。

刘基（刘伯温 ）足智多谋，料事如神，并博通经史，曾经为朱元璋平定天下数出奇谋，立下了汗马功劳。可是朱元璋却嫉妒他的才干和威望，在明初大封功臣时，只封他一些虚职，并且在第二年即迫不及待地命他回家养老。刘基在乡间隐居，闭门谢客以躲避灾祸， 可是灾祸仍无情地降临到他的头上。 对他心怀不满的胡 惟庸向朱元璋诬告，说刘基试图在一处有“王气”的地方为自己建造墓地，居心不良 。朱元璋本来就对刘基心怀戒备，因此很容易就听信了这些谗言，下令剥夺刘基的俸禄以示惩罚。刘基诚恐惶恐地赶赴京师向皇帝请罪，不多久即因恐惧和忧郁而身患重病，后来因吃了胡 惟庸派来的医生开的药而不明不白的死去。据野史所说，实际上是朱元璋指派胡 惟庸毒死了刘基。

另一个功勋卓著的大将徐达，也死得不明不白。朱元璋表面上常对徐达称“布衣兄弟 ”，十分慷慨地赏赐给他许多财物，封他为魏国公。可是在内心里却时刻想把他除掉。明洪武十七年，天象上出现了以下犯上的凶兆，朱元璋顿感不安。他把这个凶兆应在徐达身上。第二年，徐达身患重病，背部长了一个痈疽。传统医学认为，患这种病的人最忌食用鹅一类能致病“发”的食物，可是朱元璋却特意派人给他送去蒸鹅。徐达知道皇帝是要他的命，在含泪谢恩后，不得不吃下御赐的“嘉肴 ”，几天后即含冤死去。

对于功高名重的开国元勋，朱元璋或诬陷他谋反，或采取暗杀手段。对于一般功臣则公开地杀戮。冯胜在朱元璋所排列的功臣榜中名列第三，算得上是功勋卓著之辈，但是却因不得朱元璋的欢心而被赐死。其他一些功臣如傅友德、廖永忠、朱祖亮、胡美等人也都被他“赐死”。对这些人“赐死”时， 有的捏造了一些无端的罪名，有的则根本没有任何罪名，实际上也不需要罪名。因为君让臣死，臣不敢不死。这就是专制君主的原则。朱元璋所杀的人绝不仅仅是几个功臣，还有成千上万的无辜者。洪武十三年，朱元璋借宰相胡 惟庸谋反案，杀人达三万之多。洪武二十六年，大将军蓝玉仅因居功自傲被杀，不仅其三族亲戚被抄斩，而且株连达一万五千余人，全部遇害。朱元璋对臣民的迫害远远超过了以前各代的君主，在历史上留下了最为血腥的一页。

不但列将以次诛夷，甚至坚守南昌85日，力拒陈友谅，造成鄱陽大捷，为朱元璋奠定王业做出巨大贡献的养子亲侄朱文正也以“亲近儒生，胸怀怨望”被鞭死。养子亲甥李文忠，十几岁便在军中南征北伐，立下大功，也因左右多儒生，礼贤下士，被诬为有政治野心而被毒死。

除大规模诛灭武将外，朝中文臣亦不能幸免。先后有礼部侍郎朱同张衡，户部尚书赵勉，吏部尚书余（火气）， 工部尚书薛祥秦逵，刑部尚书李质开济，户部尚书茹太素，春官王本，祭酒许存仁，左都御史杨靖，大理寺卿李仕鲁??等伏诛。外官也有苏州知府魏观，济宁知府方克勤，番禺知县道同，训导叶伯臣??等相继被杀。茹太素刚直不阿，几次为了话不投机被廷杖、降官，甚至镣足治事。一天，在便殿赐宴，朱元璋赐诗说 ：“全□同汝饮，白刃不相饶 。”太素磕头续韵 ：“丹诚图报国，不避圣心焦 ！”朱元璋听了很受感动，可不几天还是把他杀了。