当时国内政界对向犹太人发放签证意见也不一。蒋介石对德国有好感，使用德国军事顾问，购买德国武器，还把儿子蒋纬国送到德国学军事。这自然对何凤山形成了很大压力，他很快就受到了来自顶头上司——驻德大使陈杰的直接威胁。陈杰秉承国内的旨意，想维持同德国的关系，害怕得罪对方，因此坚决反对何凤山给犹太人发放签证，但何凤山没有理睬。后有人向外交部打小报告，说何凤山在向犹太人出卖签证。陈杰于是采取突然袭击方式，派人到维也纳调查。因查不到证据，才不了了之。但是，何凤山于1940年5月被调离维也纳。

　　从1937年5月到任，至1940年5月离职，何凤山到底给犹太人签发过多少拯救生命的签证已难精确考证，至今尚无准确数字，一位犹太幸存者提供的护照原件的签证号码推算表明，他1938年6月得到的签证号为238号，另一份7月20日的护照则显示，签证号已超过1200号，而汉斯·克劳斯的签证日期为1938年10月27日，号码为1906号。