二战爆发后，西欧小国荷兰继续奉行中立政策。虽然种种迹象表明，纳粹德国可能很快就会入侵，但不少荷兰人天真地认为，他们的国家或许还能像一战一样实现奇迹，躲过一场席卷欧洲的灾难。但这一次他们想错了，1940年5月10日，纳粹德军大举侵略，势单力薄的荷兰人经过五天对抗，就被迫宣布投降，荷兰女王只好流亡国外。

（荷兰统帅向德国纳粹投降）

德国人占领荷兰后，尽量把自己打扮成一个似乎不太残酷的征服者，建立了所谓的傀儡政权。不过随着荷兰人的反抗不断，德国人撕破了伪善的面皮，解散了一手策划的“咨议内阁”，然后直接利用军事机构加强对荷兰人控制。在二战后期，荷兰成为盟军的重要战场，为防止荷兰人向盟军靠拢，德国人屠杀了一些荷兰抵抗分子。不过，和本土荷兰人相比，生活在亚洲殖民地的荷兰人遭遇更加悲惨。

荷兰曾是海上强国，号称“海上马车夫"，从16世纪后期到17世纪上半叶，凭借航海技术和对外贸易建立起全球贸易市场。在亚洲，荷兰的殖民地主要在东印度群岛，包括今天的印度尼西亚、马来西亚、巴布亚新几内亚。在后来的对英战争和对法战争中，荷兰相继失败，海外殖民地逐渐萎缩，最后只剩下印度尼西亚一块殖民地。德国占领本土后，印度尼西亚对荷兰流亡政府而言尤显重要。

（17世纪的荷兰号称“海上马车夫”）

1942年3月，日本开始向印度尼西亚大举入侵，在强大攻势下荷兰守军一触即溃，大多数不战而降。日军随即占据了印尼，逾42000名荷兰皇家东印度军人被俘，10万荷兰籍民众被日军拘禁于集中营内。在集中营中的荷兰人，他们的生存条件非常恶劣，每日都在承受着极大痛苦，死亡随时威胁着他们。一些人忍受不了折磨，企图逃离集中营，但往往都被抓回来残忍处死。

日军占领印尼三年时间，8200名荷军战俘被虐待致死，死亡率近20%。那些被关押在集中营的荷兰国民死亡率也达到13%，约有1万3千人没能熬过战争时期。很多荷兰妇女惨遭不幸，经常被日军士兵侮辱，还有一些被强迫征为慰安妇。据相关专家估计，最低约有250名荷兰女性被日军迫害成为慰安妇。

（二战时日本军人）

荷兰国民在印尼被迫害的历史，一直是荷日之间的敏感问题。因为这个问题，荷兰女王贝娅特丽克丝长期拒绝日本政府的访问邀请。直到1991年，日本官员为二战时日军关押和虐待荷兰人一事作出道歉后，她才对日本进行了访问。一直以来， 荷兰有个名为“日本道义欠债基金会”的民间团体，他们每年都会不定期在海牙日本驻荷兰大使馆门前示威，表示日本不仅要进行道歉，而且要作出实质性赔偿。