清朝刚入关占据北京的时候，其实力其实还不具备占据当时整个大明王朝，在南边南明政权占据了南方半壁江山，西南的川蜀还有李自成的残部也在坚持抗清。在这种情况下，清廷采取了以汉制汉的策略扶植明朝的降将，用来对付残余的反清势力。

在这些投降清朝的明朝大将，以后来的云南‘平西王’吴三桂、广东‘平南王’尚可喜、福建‘靖南王’耿精忠最为知名也是后来的三藩。这三个王吴三桂在平定南明势力和李自成余部立的功劳最多，也是势力最大的一个。

康熙十二年3月，平南王尚可喜疏请归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。这是后在朝廷上引发了关于削藩的热议，康熙这时候年轻气盛也想有一番作为于是遂诏令尽撤全藩。这时候在南边的吴三桂兵强马壮地盘雄踞云贵自然不会妥协。这时候吴三桂杀了朝廷的云南巡抚并且联络了‘靖南王’耿精忠起兵造反。

在起兵的初期，由于吴三桂历经清朝三帝在朝廷中有强大的势力，吴三桂起兵后四川之郑蛟麟、谭弘、吴之茂，广西之罗森、孙延龄，陕西之王辅臣，河北之蔡禄等也先后揭起叛旗，纷纷响应。战争的形势也对叛军逐渐有利，当初骁勇善战的八旗兵被吴三桂打的节节败退。

康熙十七年，吴三桂登基称帝国号周，康熙十七年吴三桂派大将马宝在永兴重创清军，在八月的时候吴三桂却突发疾病去世。吴三桂的病死导致了叛军群龙无首，虽然其孙吴世璠继承了帝位，但由于缺乏威信导致军心瓦解，不久清军一路势如破竹攻克昆明，三藩之乱彻底告终。

在吴三桂死之前，陕西的王辅臣被清廷军队击败而投降，耿精忠部因为受到台湾郑经部的袭击导致腹背受敌，只有投降了清朝。尚之信见耿精忠投降后也随之请降。这样三藩已经去掉了两藩，自此吴三桂失去了外援。吴三桂起兵之处打着“反清复明”的口号，早年为清廷卖命吴三桂屠杀了很多南明义士，反清复明的口号并没有给他带来见效的政治资本，到后来他干脆自己称帝，在一定程度上又让他丧失了民心。