就在与南海有关的国际争议日益加深之际，台湾宣称拥有“u形线(九段线)”内四大岛群及周边水域的“主权”。但这样的表态遭到一些前美国官员的批评，称该主张不合法、不实际且毫无理性基础。

据台湾东森新闻网14日报道，台“外交部”发言人高安13日称，无论从历史、地理还是国际法而言，南沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、东沙群岛及周遭水域都属“中华民国固有领土及水域，不容置疑”。

针对台湾方面的表态，前美国在台协会台北办事处处长司徒文13日批评称，台方主张南海领土所有权时，应依照国际海洋法规范，采取地缘延伸原则认定;“九段线”主张在世界各地被认为是可笑的，台湾南海政策与大陆类似，依据“九段线”及其前身的“十一段线”，主张拥有整片南海主权，“但相关争议过于危险、棘手，台湾应认真考虑放弃拥有全部南海主权的主张”。《联合报》14日称，由于台湾在南海仅实质占领太平岛，并已着手兴建简易机场及码头，司徒文建议台方主张握有太平岛以外200海里经济海域。当被问到放弃“九段线”主张等于放弃广大南海主权，可能打击台当局威信甚至与“宪法”抵触时，司徒文回应称，放弃南海主权不等于放弃任何台湾目前正“实际控制的领土”，对台湾而言也不会有实质损失，台湾仍可对太平岛提出200海里经济海域的主张。他还说，或许台湾人民是因爱国心而不愿放弃南海，“但南海可不是每天可以跑去游泳的地方”。此外，司徒文也提及美国“重返亚太”政策是因应中国大陆崛起，认为台湾不仅有能力，也应该在其间扮演重要角色。

同一天，前美国国务院资深外交官谭慎格示警称，马英九当局一向的策略是以两岸经济合作的加温，使两岸政治谈判水到渠成，“不论人民是否支持，马英九执政的最后一年甚至更快，一定会寻求与中国签订和平协议”。他还称，马英九与他的前任不同，从未排除和平协议签署的可能，未来台湾与中国大陆可能成为“海上轴心”，台湾海峡则可能变成大陆的“内陆水道”。对于谭慎格的说法，台“总统府”未做响应。不过，纽约大学教授孔杰荣认为，现在大局势不同以往，两岸情势也不同，加上又有东海和南海诸岛争议，“可以预见，两岸关系未来困难比较多且复杂”。

绿营一直主张美国介入南海争端。“台联党主席”黄昆辉13日称，大陆在钓鱼岛、南海的军事作为已影响亚太稳定，美国不应被动因应，唯有积极介入才能防止大陆武力扩张。

近几年，台湾当局对南海问题空前关注，尤其是大陆划定东海防空识别区以来。就在9月1日，“南疆史料特展”在台北开展。这是台当局首度展出南海档案史料，包括1946年12月中国完成接收进驻南沙太平岛，接收代表全体与太平岛碑一同合照，作为进驻接收南沙群岛的见证。也有1947年备案的“南海诸岛新旧名称对照表”及“南海诸岛位置图”，其中南海诸岛位置图划定的u形线，是中国南海主权确立的历史与法理基础。马英九在致辞时称，任何有关南海协商、谈判或制定有关各方行为规范时，台方“不能够被排除”。目前，台湾实际控制东沙岛和南沙太平岛。

不过，对于马英九主张让“东海和平倡议”适用于南海，舆论并不认同。有分析称，马当局一直把台日签署渔业协定归功于“东海和平倡议”，但在南海，行事乖张的菲律宾岂会像日本那样“友台”，它和越南这样的国家根本不会与台湾坐下来谈渔权。