虽然宙斯盾系统有如此的高效率，但其实有很大的问题。舰载宙斯盾防御系统号称能自动跟踪100个来袭目标、并其中对8-12个威胁最大的目标进行跟踪，并指挥12-16枚发射舰空导弹后引导控制摧毁目标，根据其设计原理其战术原则为打击一个威胁比较大的目标一般是双发齐射，但这里其实隐藏着一个重大缺陷，那就是“发射单元”不足。

　　宙斯盾系统最快发射为12枚导弹齐射，有4枚可作为最快补充发射，宙斯盾号称能攻击8-12个威胁最大的目标是根据12枚齐射而来的，若其中有4个威胁相当大，那么就双发齐射，耗用8枚导弹，那剩下4枚就一对一的攻击目标，如此算来可攻击8个目标，若12枚都是以“一对一”的形式攻击目标，那就是可同时攻击“12个目标”并由4枚“最快补充发射”的导弹准备二次攻击4个最有威胁的目标，这就是所谓的“对付8-12个威胁最大的目标”所能调动的“发射单元”。而那个“可攻击16个目标”的说辞其实是将那个“4枚最快补充发射”和第一次发射的12枚导弹加在一起凑出来的数字，但真实的攻击里这个“最快补充发射”究竟能起多少作用还是个未知之数。

　　对于一般的亚音速导弹和飞机来说，如此的安排还算稳妥，但对于“超音速导弹”或着是“超高音速导弹”来说，这个补充发射显得很窘迫。刚才在开篇已经提到过，由于地球曲率的影响，舰艇舰桥上的雷达只能探测到大约40公里远的掠海目标，这是舰艇火控雷达对于掠海目标探测的极限距离，这与预警机的预警雷达是两个概念，预警机发现目标以后无法瞄准，只有火控雷达才能瞄准。所以对于舰艇来讲，其火控雷达若要瞄准掠海飞行的反舰导弹，那只能等其进入40公里范围内。

　　音速一秒钟340米/秒，3秒约为一公里，40公里的距离飞行时间约有117秒，这还不算太短，但相对于“超音速导弹”或“超高音速导弹”就显得紧张了，2倍音速并不是什么夸张的速度，有的飞机也能达到这个水平，何况专门以“高速”见长的反舰导弹，达到2倍音速反应时间就被缩短至一分钟以内，若是三到四倍音速，那给系统反应时间就更短，才区区29-39秒，这其中要包括瞄准、锁定、点火、发射、调姿、对飞、弹道校正……等，若没有攻击成功那是几乎没有第二次补充发射机会的，因为在所耗费的时间里对方导弹也在同时接近，故第二次补充发射的时间是必须扣除第一次发射直至失败的全过程所用之时间。由此可见，对于“超音速”或“超高音速”的反舰导弹第二次补充发射的机会不大。

　　综上所述，宙斯盾系统必须以前12枚导弹为依托，对抗“超音速导弹”或“超高音速导弹”，这样问题就出现了，即便12枚导弹都百发百中，可对方若一次来不是12枚导弹，而是20枚怎么办 这不过是5架飞豹或5艘隐形半潜船(2211艇那种)的载弹量……