9月22日，美国在《占领初期美国对日政策》中明确宣布：“美国占领日本的最终目标是：(1)确保日本不再成为世界安全与和平的威胁。(2)最终建立一个和平与负责的政府，该政府应尊重其他国的权利，并应支持《联合国宪章》的理想与原则中所显示的美国目标。这表明维护美国的利益成了美国对日政策的最高标准。

　　1945年10月，美军指挥部对日本各战略要点实行了全面控制。整个国土被分成2个占领区;九州、四国和本州南半部划为美第6集团军的占领区，本州北半部和北海道由美第8集团军占领。10月2日，根据麦克阿瑟指示成立了最高司令部，在司令部里，除了建立纯军事部门(侦察处，作战处)外，还设立了管辖日本生活各领域的10个处，如经济科学处、外交处、自然资源处等。

　　为了更有效地控制日本，麦克阿瑟接受了日本政府的请求，取消了军事管制，并通过日本天皇、政府进行对日间接统治，从而取得完全控制日本的主动权，以便把它限制在自己利益的范围内。

　　1945年12月,莫斯科3国外长会议决定在华盛顿设立由苏、英、美、中、法、荷、加、澳、新、印、菲11国(后缅甸和巴基斯坦加入)代表组成的远东委员会，作为制定占领政策的最高决策机构。在东京设立由美、苏、中、英 4国代表组成的盟国管制日本委员会。但前者的决定必须通过美国政府向盟军总司令部发布指令，后者是盟军总司令的咨询机关，都不能限制美国对日本的单独统治。