甲级战犯为犯有“破坏和平、发动侵略战争”的战犯。详细控罪指：“作为领袖、组织者、鼓动者或从犯;策划、执行计划或秘密计划；发动侵略战争或违反国际条约之战争。”在远东国际军事审判受审的甲级战犯全都被控以上罪名，另加其他对个别国家发动战争的罪名。甲级战犯主要为掌握决策权力的军队或政府中之高层。乙级战犯指犯有“战争罪行”，一般指控包括“下令、准许或容许虐待战俘或平民”或“故意或鲁莽疏忽责任，未有阻止暴行”。部份甲级战犯同时有被控以此“战争罪行”。丙级战犯指犯有“违反人道罪行”，多数指控实际执行杀害或虐待者。

第一次战犯提名：1945年9月11日逮捕命令。主要东条内阁阁僚被逮捕。东条英机、东乡茂德、岛田繁太郎、贺屋兴宣、小泉亲彦(1945年9月13日自杀)、井野硕哉、村田省藏、寺岛健、太田清一、桥田邦彦(1945年9月14日自杀)、飞田时雄 、长内茂、三浦宗一、竹内宽、本间雅晴(马尼拉军事法庭死刑判决)、岸信介、铃木薰二、岩村通世、德田久吉、黑田重德(马尼拉军事法庭终身刑罚判决)、佐佐木薰一、上田良武、铃木贞一、长滨彰(马尼拉的军事法庭死刑判决)

1945年9月21日逮捕命令：土肥原贤二、阿部信行

1945年10月22日逮捕命令：安倍源基

第二次战犯提名：1945年11月19日逮捕命令(11名)荒木贞夫、小矶国昭、松冈洋右、松井石根、南次郎、真崎甚三郎、白鸟敏夫、鹿子木员信、久原房之助、葛生能久、本庄繁(1945年11月20日自杀)。

第三次战犯提名:1945年12月2日逮捕命令(59名)畑俊六、平沼骐一郎、广田弘毅、星野直树、大川周明、佐藤贤了、鲇川义介、天羽英二、安藤纪三郎、青木一男、有马赖宁、藤原银次郎、乡古洁、后藤文夫、秦彦三郎、本多熊太郎、古野伊之助、井田磐楠、池田成彬、池崎忠孝、石田乙五郎、石原广一郎、上砂胜七、河边正三、菊池武夫、木下荣市、小林顺一郎、小林跻造、儿玉誉士夫、松阪广政、水野炼太郎、长友次男、中岛知久平、中村明人、牟田口廉也、梨本宫守正王、西尾寿造、冈部长景、大仓邦彦、大野广一、太田耕造、太田正孝、樱井兵五郎、笹川良一、下村宏、进藤一马、盐野季彦、高桥三吉、四王天延孝、多田骏、高地茂都、谷正之、德富苏峰、正力松太郎、丰田副武、津田信吾、后宫淳、横山雄伟、纳见敏郎。

第四次战犯提名：1945年12月6日逮捕命令(9名)。国际检察局追加逮捕。木户幸一、大岛浩、酒井忠正、大河内正敏、近卫文麿(1945年12月16日自杀)、绪方竹虎、大达茂雄、伍堂卓雄、须磨弥吉郎。

1946年3月16日逮捕命令：永野修身

1946年4月7日逮捕命令：冈敬纯

1946年4月29日逮捕命令(2名)：梅津美治郎、重光葵。

板垣征四郎，木村兵太郎，武藤章在外地逮捕。桥本欣五郎单独逮捕。

远东国际军事法庭审判最终审判甲级战犯名单：荒木贞夫、板垣征四郎、梅津美治郎、大川周明、大岛浩、冈敬纯、贺屋兴宣、木户幸一、木村兵太郎、小矶国昭、佐藤贤了、重光葵、岛田繁太郎、白鸟敏夫、铃木贞一、东乡茂德、东条英机、土肥原贤二、永野修身、桥本欣五郎、畑俊六、平沼骐一郎、广田弘毅、星野直树、松井石根、松冈洋右、南次郎、武藤章上述的28人于1946年4月29日被起诉。

1948年11月12日终审判决：

绞刑：

（1948年12月23日执行）：板垣征四郎、木村兵太郎、土肥原贤二、东条英机、广田弘毅、松井石根、武藤章。

终身监禁：

荒木贞夫、梅津美治郎、大岛浩、冈敬纯、贺屋兴宣、木户幸一、小矶国昭、佐藤贤了、岛田繁太郎、白鸟敏夫、铃木贞一、南次郎、桥本欣五郎、畑俊六、平沼骐一郎、星野直树。

有期徒刑：

重光葵（7年）、东乡茂德（20年）；

判决前病死：

永野修身（1947年1月5日）、松冈洋右（1946年6月27日）。

免除追诉：

大川周明（梅毒引起的精神异常而被免除追诉）。