强大的反潜巡逻机、大范围的海底声呐基阵、地方配备舰队的近海专属护卫队、有效的战法搭配这些要素一并构成了日本海自近海反潜作战的体系，在战时可以高效的展开封锁日本海域周边及宗谷、津轻和对马三个海峡的任务。再加上机动舰队的远洋反潜能力，可以说如果单就反潜作战而言，日本的兵力和装备是完全足够且强大的。不过即便是强大至此的反潜战力，日本海自也还有很多的缺陷不能弥补，可以说正是这些缺陷让以上几乎所有的强大战力成为了难以实现的构想。

自身建设方面存在的问题是潜艇反潜能力的缺陷，潜艇反潜主要是攻击核潜艇的任务，苏联曾经将攻击型核潜艇的任务主要定位为猎杀对方的潜艇，相比于常规潜艇而言，核潜艇具有功率高、航速快、续航力大、武器配备多、可长时间在水下作战等诸多优点。由于航速快，攻击型核潜艇的战法相比于常规潜艇出现了革命性的进步，攻击型核潜艇可以和水面舰队编队作战，因为一般核潜艇可以在水下长时间以20节以上的航速航行，完全可以跟上水面舰队的航速。核潜艇和水面舰艇编队作战的好处有很多，核潜艇最害怕的对手就是对方的航空反潜设备，而和水面舰队编队联合作战则可以有效避免这个问题，对方的航空和水面反潜兵力需要考虑保护核潜艇的舰艇编队的存在，而不敢贸然对编队内的核潜艇发动进攻；而核潜艇又可以依靠水下的探测为整个舰队提供更强的对水下目标的探测能力，特别是可以为舰队提供水下保护，在发现对方的潜艇后，核潜艇可以协助己方的反潜兵力一起对对方的潜艇发动进攻；核潜艇和水面舰队相辅相成，互相依托，互为屏障，核潜艇可以与对方潜艇缠斗，让对方潜艇无暇顾及多方面的威胁，增加反潜的效率。

海自反潜舰队的第二个缺陷在于制空权的缺失,不论是远洋上的机动舰队还是在日本周边执行反潜任务的地方配备舰队和航空群，其都主要依靠航空反潜的力量执行反潜作战，由此需要有强大的制空权才能保证其反潜战力的充分发挥；而16DDH和22DDH这样的直升机航母，并不具备操作固定翼舰载机的能力，舰队的防空重任是交给“金刚”/“爱宕”级这样的宙斯盾驱逐舰，以及执行内层防空任务的“秋月”级和“高波”级这样的只能搭载ESSM“改进型海麻雀”防空导弹的军舰，依靠舰艇防空导弹系统执行的防空作战并不能保证拿到制空权，再先进的舰艇防空手段也只是一个防御性的手段，并不能成为控制性或者进攻性的手段，不能保证空域的绝对安全，英阿马岛海战中英国舰艇的损失就是活生生的例子；在近海虽然可以获得岸基航空兵的支援，但是相比于日本的主要潜在对手而言，日本的航空自卫队和海自的航空群都无法与之抗衡。日本可以用于争夺制空权的战斗机主要包括不到200架的F-15J战斗机和80架F-2战斗机，其中F-15J由于建造时间较早，机体结构严重老化，曾经发生过在空中直接解体的惨剧，且其航电雷达设备老旧，不能操作新型的主动雷达制导中距离空空导弹，这在先敌发现、先敌射击就能取得优势的现代空战中显然是非常不利的；虽然经过延寿和升级，然而据悉也仅有80架左右的F-15J拥有了更新的航电设备和操作新型空对空导弹武器的能力，在当前中俄等国家军机时常光顾日本周边的情况下，可以预计到F-15J的寿命将会消耗的更快，真正能达到战备状态的飞机将会越来越少，而日本自己生产的F-2战斗机虽然航电先进，但是由于造价高昂，因此生产的并不很多。日本空自的制空战斗机在世界上可能是先进且规模庞大的，然而和日本的主要潜在对手比较而言，就显得从技术上和规模上都处在劣势了，不论是俄罗斯的苏35战斗机和苏30SM战斗机，还是中国的歼11B和歼10等战斗机，日本空自对抗起来都非常吃力，而这种差距并没有缩小的趋势，反而这种差距由于近些年来空自武器装备更新缓慢、F35战斗机计划交付延迟变得更大。

第三个危险的缺陷则是己方反潜舰队的战时生存问题，这个缺陷来自于日本的主要潜在对手。以俄罗斯为例，如果日俄因为北方四岛的归属问题爆发武装冲突，日本海自因为缺乏核潜艇，由此在反潜战中处于不利态势之中，本方的“苍龙”级潜艇难以和核潜艇一战，反倒是俄罗斯可以利用核潜艇从容的对日本潜艇展开追踪；空自又竞争不过拥有第4代++苏-35战斗机的俄罗斯空军（俄罗斯首批苏35战斗机被部署在远东地区）从而丧失了制空权，而俄罗斯海空军却具备完整的进攻能力，太平洋舰队的旗舰“瓦良格”号巡洋舰搭配太平洋舰队的核潜艇和空军的图22M3将会对日本海自的舰队发起全方位的立体式打击（鉴于俄反舰导弹的射程大于日本海自反舰导弹的射程，因此率先进攻的应当是俄罗斯海军），鉴于海自几乎没有进攻能力，因此可能从一开始就处在守势，即便是宙斯盾导弹驱逐舰拥有无与伦比的防空拦截能力，也不能保证做到不放过一枚漏网的反舰导弹；届时不要说执行反潜作战的问题，就算是日本海自舰队的生存问题都会面临巨大的挑战。而一支难以生存的舰队，又如何能够充分发挥他的战斗力？