1941年12月7日，日本偷袭美国海军珍珠港之前，曾经派遣了一些袖珍潜艇前往珍珠港菜价偷袭作战活动，但是没有凑效。即使如此，仍然反应出日本对潜艇作战的高度重视。在整个太平洋战争期间，日本潜艇的建造特点，从总得方面来说是潜艇种类型号繁多，但是建造潜艇的基本方针经常更改，一些型号潜艇的建造计划，在日本战败投降时尚未完全执行完毕。还有一些型号的潜艇建造的数量不少，但是在战争期间没有充分发挥出预期的作用。

日本用于太平洋战争的潜艇建造计划，早在太平洋战争爆发之前便已经制定并开始执行。日本海军根据1937年度计划开始，陆续建造了20艘乙级潜艇，这些潜艇在太平洋战争期间，被日本海军作为其前提主力投入了战场。与甲级潜艇相比，乙级潜艇除了在排水量艇员编制人数以及续航距离等方面略少一些外，其总体性能几乎与甲级没有太大差别。太平洋战争初期，乙级潜艇曾经取得了一些出色的战果，从1937年度计划开始，日本海军还陆续建造8艘丙级潜艇。在太平洋战争期间，丙级潜艇除了参加一般的海上作战之外，还作为携带袖珍潜艇的母艇，把袖珍潜艇运送到美国海军舰艇驻泊的地方，对美国军舰实施袭击。此外，从1939年开始，日本海军恢复了海大级潜艇的继续建造，并于1942年-1943年建成了10艘海大-7型潜艇，补充了丙级潜艇数量的不足。

1939年，日本海军制定了潜艇紧急建造计划，总共建造了18艘中级潜艇，这些潜艇相继于1943年3月-1944年11月建成服役，全部投入到了太平洋战场，在太平洋战争期间，日本海军曾经计划再建造75艘中级潜艇，但是由于战局形势急转直下，日本在盟军的打击下很快趋于败局，无力继续建造中级潜艇，此项建造计划中途流产。

日本海军根据1939年度临时计划及1941年度的紧急计划，还建造了18艘小级潜艇，主要是打算把潜艇用于对设立在南太平洋一些岛屿上的日嗯空军基地进行防御。小级潜艇在1942年9月-1944年1月相继建成服役之后，正值日本海军潜艇作战兵力比较微弱的时期，于是日本海军把小级潜艇投入到了远洋作战的战场上，由于这些小级潜艇史按照近海潜艇模式设计建造的，因此难以适应远洋型的海上作战，结果18艘小级潜艇基本上都没有发挥出任何作用。

太平洋战争爆发之前，日本海军根据1941年度的追加计划，打算建造3艘潜补级潜艇，主要用于对水上飞机补充航空汽油和弹药品。但是后来日本军令部于1941年9月命令增加潜补级潜艇的武器装备核续航力。因此该机潜艇的设计中途进行了修改，致使该级潜艇首制艇在1943年5月才正式开工。1945年1月28日，潜补级潜艇的首制艇伊-351号潜艇建成服役之后，旋即被日本海军投入到海上补给行动。该级的后续2艘潜艇到日本战败投降都没有建成。

战争期间，日本根据1942年度的修正计划建造了5艘潜特级潜艇，潜特级潜艇实际上是一种潜水航空母舰，其水下排水量高达6560吨，是第二次世界大战期间排水量最大的潜艇，该级潜艇续航力长达37500公里。由于在战争期间日本原材料和劳动力严重匮乏，因此日本勉强建造了3艘潜特级潜艇，另外2艘尚未建成，日本已经战败投降。

另外，在战争期间，日本海军根据1942年度的修订计划建造了12艘丁级潜艇，最初，日本打算把丁级潜艇作为运送海军陆战队员和特种部队的登陆用潜艇，后来根据战争形势将丁级潜艇应急改为输送作战物资用的潜艇。

在1943年度计划中，日本海军建造了潜高级潜艇，潜高级潜艇是一种日本海军给予厚望的水下高速型潜艇，按照日本最初的计划，潜高级潜艇的水下最高航速为25节，但是在实际建造中，由于主机的原因，建成服役的潜高级潜艇水下最高航速仅有19节，日本原打算建造3艘潜高级潜艇，但是后来又增加到了23艘，不过截止战败，日本仅仅建成了3艘潜高级潜艇。

1943年末开始，日本海军以甲标的级袖珍潜艇为基础，开始设计具有水面航行能力、可以进行充电、艇内舾装简化的蛟龙级袖珍潜艇，1945年3月，日本海军把蛟龙级潜艇定为特攻武器，接着，日本全国有关造船厂全力以赴的建造这种潜艇，截止日本战败投降之前，日本海军总共建造了115艘蛟龙级潜艇。此外，日本海军还建造过650艘回天级自杀潜艇，尽管这些潜艇的名字叫做“回天”级，尽管日本在潜艇的使用和建造上投入了巨大的力量，但是这仍然不能阻止日本在太平洋战场上的失败命运。